パッケージ: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-10)

[ ソース: tree-puzzle  ]

最尤法による系統樹の再構築 (並列化版)

TREE-PUZZLE (PUZZLE の新たな名前) は対話式のコンソールプログラムで、 巨大なデータセットを解析して、個々の内分枝の支持の推定を自動的に 割り当てる高速なツリー検索アルゴリズム quartet puzzling を実装しています。 TREE-PUZZLE はまた、ユーザが指定した系統樹に対して、その枝長だけで なく、ペアワイズ最尤距離も計算します。枝長は分子時計の仮定の下でも 計算することができます。さらに、TREE-PUZZLE は、仮定した内分枝の支持を ツリー全体を計算することなく調査し、配列アライメントの系統学的な 内容を視覚化する、尤度マッピングという新たな方法を提供します。

このパッケージは tree-puzzle の並列化バージョンです。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, use::comparing, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

その他の tree-ppuzzle 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  パッケージは利用できません

tree-ppuzzle のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	196.2 kB	543.0 kB	[ファイル一覧]