パッケージ: r-bioc-variantannotation (1.36.0-1)

[ ソース: r-bioc-variantannotation  ]

BioConductor annotation of genetic variants

This BioConductor package provides R functions to annotate variants, compute amino acid coding changess and to predict coding outcomes.

その他の r-bioc-variantannotation 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.15) [arm64, ppc64el 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0)

  使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)

• dep: r-api-4.0

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.27.9)

  GNU R Annotation Database Interface for BioConductor

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.57.2)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.47.3)

  BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.31.3)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.41.5)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-matrixgenerics

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-rhtslib

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.99.0)

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.19.5)

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-dbi

  GNU R package providing a generic database interface

• rec: r-bioc-snpstats

  BioConductor SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods

• rec: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

• sug: r-bioc-annotationhub

  GNU R client to access AnnotationHub resources

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

r-bioc-variantannotation のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	3,419.3 kB	4,819.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3,399.3 kB	4,787.0 kB	[ファイル一覧]
armel	3,387.1 kB	4,736.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	3,388.9 kB	4,604.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3,394.8 kB	4,832.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3,406.0 kB	4,898.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	3,409.2 kB	4,859.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3,447.3 kB	5,039.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	3,407.1 kB	4,867.0 kB	[ファイル一覧]