Package: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 and others)

[ Source: ea-utils  ]

strumenti a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento biologici

Ea-utils fornisce un insieme di strumenti a riga di comando per l'elaborazione di dati di sequenziamento biologici, demultiplexing di codici a barre, trimming di adattatori, ecc.

Scritto principalmente per gestire una catena di elaborazione dati basata su Illumina, ma dovrebbe funzionare con qualsiasi FASTQ.

Gli strumenti principali sono:

 * fastq-mcf

Cerca adattatori in un file di sequenza e, basandosi su una soglia a scala logaritmica, determina un insieme di parametri di ritaglio ed esegue il taglio. Esegue anche la rilevazione di sbilanciamenti e il filtraggio di qualità.

 * fastq-multx

Demultiplexa un fastq. È capace di determinare automaticamente gli id dei codici a barre in base a un insieme di campi master. Mantiene sincronizzate le letture multiple durante il demultiplexing. Può verificare che anche le letture siano sincronizzate e fallisce se non lo sono.

 * fastq-join

Simile al programma stitch di audy, ma in C, più efficiente e gestisce alcuni benchmark e tarature automatiche. Usa la stessa "distanza al quadrato per gli allineamenti ancorati" come altri strumenti.

 * varcall

Prende un pileup e calcola le varianti in una maniera parametrizzata in modo più facile rispetto ad altri strumenti.

Other Packages Related to ea-utils

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: r-base-core

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• dep: r-cran-formula

  pacchetto GNU R per formule estese di modelli

• dep: r-cran-getopt

  pacchetto di GNU R che fornisce funzionalità di analisi della riga di comando

• dep: r-cran-ggplot2

  implementazione di Grammar of Graphics

• dep: r-cran-hmisc

  funzioni miste di Frank Harrell per GNU R

• dep: r-cran-lattice

  pacchetto GNU R per grafici "Trellis"

• dep: r-cran-survival

  pacchetto GNU R per analisi di sopravvivenza

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

• rec: med-config (>= 2.1)

  pacchetto Debian Med di configurazione generale

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b3	232.0 kB	1,093.0 kB	[list of files]