Package: ea-utils (1.1.2+dfsg-9 and others)

[ Source: ea-utils  ]

Værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata

Ea-utils tilbyder et sæt af værktøjer til kommandolinjen for behandling af biologiske sekvensdata, stregkodedemultiplexing, adaptertrimming etc.

Primært skrevet for at understøtte en Ilumina-baseret datakanal - men bør fungere med enhver FASTQ.

De vigtigste værktøjer er:

 * fastq-mcf

Skanner en sekvensfil for adaptere og baseret på en logskaleret tærskel bestemmes et sæt af klippende parametre og klipningen udføres. Udfører også detektering af skævvridning og kvalitetfiltrering.

 * fast-multx

Demultiplexer en fastq. Kan automatisk bestemme stregjkode-id'er baseret på et mastersætfelt. Bevarer flere læsninger i synkronisering under demultiplexing. Kan også verificere at læsninger er synkrone og fejler hvis ikke.

 * fast-join

Svarer til audy' stitch-program, men i C, mere effektivt og understøtter nogle automatiske sammenligninger og indstillingsforbedringer. Den bruger den samme »kvadreret afstand til forankrede tilpasning« som andre værktøjer.

 * varcall

Tager en samling og beregner varianter på en mere parameteropbygget måde end andre værktøjer.

Other Packages Related to ea-utils

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-formula

  GNU R-pakke for udvidede modelformler

• dep: r-cran-getopt

  GNU R-pakke der tilbyder funktionalitet på kommandolinjen til fortolkning

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-hmisc

  GNU R - diverse funktioner af Frank Harrell

• dep: r-cran-lattice

  GNU R-pakke for »Trellis«-grafik

• dep: r-cran-survival

  GNU R-pakke for overlevelsesanalyse

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

Download ea-utils

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	1.1.2+dfsg-9+b3	232.0 kB	1,093.0 kB	[list of files]