Package: libfreecontact0t64 (1.0.21-14)

[ Source: freecontact  ]

libreria per veloce predizione di contatto di proteine

FreeContact è uno strumento ottimizzato per la velocità per predire il contatto dei residui di proteine. Il suo input è un allineamento di sequenze multiple. FreeContact può funzionare come sostituto accelerato degli strumenti di predizione di contatti EVfold-mfDCA di DS. Marks (2011) e PSICOV di D. Jones (2011).

FreeContact è accelerato da una combinazione di istruzioni vettoriali, thread multipli e implementazione più veloce di parti chiave. A seconda dell'allineamento, sono possibili velocizzazioni di 8 volte o più.

È necessario un allineamento sufficientemente ampio per risultati significativi. Come minimo, dovrebbe essere usato un allineamento con un conteggio effettivo (dopo pesatura) di sequenze maggiore della lunghezza della sequenza di interrogazione. Allineamenti con decine di migliaia di sequenze (effettive) sono considerati un buon input.

Per esempio, jackhmmer(1) dal pacchetto hmmer o hhblits(1) da hhsuite possono essere usati per generare gli allineamenti.

Questo pacchetto contiene la libreria condivisa che implementa freecontact.

Other Packages Related to libfreecontact0t64

• dep: libblas3

  implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  libreria runtime per applicazioni GNU Fortran

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	81.6 kB	206.0 kB	[list of files]
arm64	72.9 kB	218.0 kB	[list of files]
armel	61.5 kB	165.0 kB	[list of files]
armhf	61.7 kB	129.0 kB	[list of files]
i386	67.8 kB	181.0 kB	[list of files]
mips64el	68.7 kB	224.0 kB	[list of files]
ppc64el	87.3 kB	218.0 kB	[list of files]
riscv64	74.2 kB	149.0 kB	[list of files]
s390x	70.3 kB	202.0 kB	[list of files]