Balík: libfreecontact0t64 (1.0.21-14)

[ Zdroj: freecontact  ]

fast protein contact predictor library

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the shared library implementing freecontact.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libfreecontact0t64

• dep: libblas3

  referenčné implementácie základnej lineárnej algebry - zdieľaná knižnica

  alebo libblas.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  zdieľaná knižnica pre aplikácie GNU Fortran

• dep: libgomp1 (>= 6)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  knižnica rutín lineárnej algebry, verzia 3 - zdieľaná knižnica

  alebo liblapack.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

Stiahnuť libfreecontact0t64

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	81.6 kB	206.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	72.9 kB	218.0 kB	[zoznam súborov]
armel	61.5 kB	165.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	61.7 kB	129.0 kB	[zoznam súborov]
i386	67.8 kB	181.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	68.7 kB	224.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	87.3 kB	218.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	74.2 kB	149.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	70.3 kB	202.0 kB	[zoznam súborov]