Package: estscan (3.0.3-6)
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Maintainers:
External Resources:
- Homepage [estscan.sourceforge.net]
Similar packages:
strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF
ESTScan è un programma che può identificare le regioni codificanti in sequenze di DNA, anche se sono di bassa qualità. ESTScan inoltre identifica e corregge errori di sequenziamento che non portano a scostamento di frame. ESTScan non è un programma per predizione di geni, né è un rilevatore di finestre di lettura. Di fatti la sua forza è nel fatto che non richiede una finestra di lettura per rilevare una regione codificante. Come risultato, il programma può mancare alcuni aminoacidi tradotti al terminale N o C, ma rileva le regioni codificanti con alta selettività e sensibilità.
ESTScan sfrutta l'uso non uniforme di esanucleotidi trovato nelle regioni codificanti rispetto alle non codificanti. Questa differenza è formalizzata in un modello di Markov nascosto (HMM) non omogeneo di quinto ordine e periodo 3. In aggiunta, l'HMM di ESTScan è stato esteso per permettere inserzioni e delezioni quando queste migliorano le statistiche della regione codificante.
Other Packages Related to estscan
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgfortran5 (>= 8)
- libreria runtime per applicazioni GNU Fortran
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- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
Download estscan
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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i386 | 52.7 kB | 253.0 kB | [list of files] |