Package: estscan (3.0.3-3)

[ Source: estscan  ]

strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF

ESTScan è un programma che può identificare le regioni codificanti in sequenze di DNA, anche se sono di bassa qualità. ESTScan inoltre identifica e corregge errori di sequenziamento che non portano a scostamento di frame. ESTScan non è un programma per predizione di geni, né è un rilevatore di finestre di lettura. Di fatti la sua forza è nel fatto che non richiede una finestra di lettura per rilevare una regione codificante. Come risultato, il programma può mancare alcuni aminoacidi tradotti al terminale N o C, ma rileva le regioni codificanti con alta selettività e sensibilità.

ESTScan sfrutta l'uso non uniforme di esanucleotidi trovato nelle regioni codificanti rispetto alle non codificanti. Questa differenza è formalizzata in un modello di Markov nascosto (HMM) non omogeneo di quinto ordine e periodo 3. In aggiunta, l'HMM di ESTScan è stato esteso per permettere inserzioni e delezioni quando queste migliorano le statistiche della regione codificante.

Other Packages Related to estscan

• dep: libc6 (>= 2.7)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  libreria runtime per applicazioni GNU Fortran

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	43.5 kB	187.0 kB	[list of files]