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Package: probalign (1.4-10)

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allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione

Probalign usa stime della probabilità a posteriori della funzione di ripartizione per calcolare allineamenti di sequenze multiple con la massima accuratezza attesa. Funziona in modo migliore rispetto ai programmi di allineamento più usati Probcons v1.1, MAFFT v5.851 e MUSCLE v3.6 nei test di prestazione BAliBASE 3.0, HOMSTRAD e OXBENCH, e tale miglioramento è statisticamente significativo. I miglioramenti di Probalign sono maggiori negli insiemi di dati che contengono estensioni terminali N/C e in quelli con sequenze di lunghezze elevate ed eterogenee. Negli insiemi di dati con lunghezze eterogenee contenenti ripetizioni, l'accuratezza degli allineamenti di Probalign è del 10% e il 15% maggiore rispetto agli altri tre metodi, quando la deviazione standard della lunghezza è almeno 300 e 400.

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