Package: unicycler (0.5.1+dfsg-1.1)

[ Source: unicycler  ]

catena di elaborazione per assemblaggio ibrido di genomi batterici

Unicycler è una catena di elaborazione per assemblaggio di genomi batterici. Può assemblare insiemi di letture solo Illumina, dove funziona come un ottimizzatore per SPAdes. Può assemblare anche insiemi di sole letture lunghe (PacBio o Nanopore) dove esegue una catena di elaborazione miniasm+Racon. Per gli assemblati migliori possibilli, fornirgli sia letture Illumina sia letture lunghe ed effettuerà un assemblamento ibrido.

Other Packages Related to unicycler

• dep: bcftools

  identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF

• dep: bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• dep: default-jre

  runtime Java standard o compatibile

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: miniasm

  assemblatore de novo ultraveloce per letture lunghe di sequenze di DNA con rumore

• dep: ncbi-blast+

  suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  miglioramenti per Python3 Distutils

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: spades (>= 3.14)

  assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: unicycler-data

  catena di elaborazione per assemblaggio ibrido di genomi batterici (pacchetto dei dati)

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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