programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre
metodi orientati all'accuratezza:
* L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200
sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora
informazioni sull'allineamento locale di coppie);
* G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per
meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che
incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
* E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non
allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze);
e cinque metodi orientati alla velocità:
* FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);
* FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000
iterazioni);
* FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
* FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze;
metodo progressivo con un albero guida grezzo);
* NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo
progressivo con l'algoritmo PartTree).
