Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
MAFFT er et program til justering af flere sekvenser, der tilbyder tre
præcisionsorienterede metoder:
* L-INS-i (nok mest præcis, anbefales for <200 sekvenser;
iterativ raffineringsmetode som indarbejder information om lokal
parvis justering),
* G-INS-i (egnet til sekvenser af samme længder; anbefales til
<200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode til at indarbejde
information om den globalt parvise justering),
* E-INS-i (egnet til sekvenser, der indeholder store regioner som ikke
kan justeres; anbefales til <200 sekvenser),
og fem hastigheds-orienterede metoder:
* FFT-NS-i (iterativ raffineringsmetode; blot to cyklusser),
* FFT-NS-i (iterativ raffineringmetode; maks. 1000 gentagelser),
* FFT-NS-2 (hurtig; progressiv metode),
* FFT-NS-1 (meget hurtig; anbefales til >2000 sekvenser; progressiv
metode med en groft vejledende træ),
* NW-NS-PartTree-1 (anbefales til ~50.000 sekvenser; progressiv
metoden med PartTree-algoritmen).
