Package: gmap (2024-10-20+ds-1) [debports]

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allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte

Questo pacchetto contiene i programmi GMAP e GSNAP, oltre ad utilità per gestire database di genomi in formato GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) è uno strumento per allineare sequenze di EST, mRNA e cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) è uno strumento per allineare letture di trascrittoma a terminali singoli e appaiati. Entrambi gli strumenti possono usare un database di:

 * siti di splicing noti e identificare nuovi siti di splice;
 * polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) noti.

GSNAP può allineare DNA trattato con bisolfito.

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sh4 (unofficial port)	5,695.7 kB	48,641.0 kB	[list of files]