Pacote: gmap (2024-11-20+ds-2) [debports]

[ Fonte:  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Outros pacotes relacionados a gmap

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.40)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de gmap

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
sh4 (porte não oficial)	5,697.4 kB	48,642.0 kB	[lista de arquivos]