Package: segemehl (0.3.4-5 and others)

[ Source: segemehl  ]

mappatura di letture corte con gap

Segemehl è un software per mappare letture corte di sequenziamento verso genomi di riferimento. Segemehl implementa una strategia di corrispondenza basata su ESA (Enhanced Suffix Arrays). Segemehl accetta interrogazioni fasta e fastq (compresse con gzip e bgzip). Oltre all'allineamento di letture da protocolli standard DNA-seq e RNA-seq, permette anche la mappatura di letture convertite con bisolfito (Lister e Cokus) e implementa una strategia di mappatura di letture separate. L'output di segemehl è un file di allineamenti formattato come BAM o SAM. In caso di letture separate, vengono scritti su disco dei file BED aggiuntivi. Tali file BED possono essere riassunti con lo strumento di post-elaborazione haarz. Nel caso dell'allineamento di letture convertite con bisolfito, anche i tassi grezzi di metilazione possono essere ottenuti con haarz.

In breve, per ogni suffisso di una lettura, Segemehl ha lo scopo di trovare il seme con il miglior punteggio. I semi possono contenere inserzioni, delezioni e non corrispondenze (differenze). Il numero di differenze permesse all'interno di un singolo seme è controllato dell'utente ed è cruciale per il tempo di esecuzione del programma. Di conseguenza, i semi che invalidano il valore E definito dall'utente sono passati a una procedura di allineamento esatta semi-globale. Infine, le letture all'interno di una percentuale minima di accuratezza sono segnalate all'utente.

Tags: Interface Toolkit: Ncurses TUI

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.3.4-5+b1	294.4 kB	1,569.0 kB	[list of files]
amd64	0.3.4-5+b1	302.7 kB	1,283.0 kB	[list of files]
arm64	0.3.4-5+b2	271.4 kB	1,311.0 kB	[list of files]
armel	0.3.4-5+b1	246.1 kB	1,137.0 kB	[list of files]
armhf	0.3.4-5+b1	242.0 kB	777.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.3.4-5+b1	280.4 kB	1,221.0 kB	[list of files]
i386	0.3.4-5+b1	318.5 kB	1,461.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.3.4-5+b1	360.4 kB	2,550.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	0.3.4-5+b1	288.1 kB	1,313.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.3.4-5+b1	250.2 kB	1,125.0 kB	[list of files]
mips64el	0.3.4-5+b1	274.3 kB	1,520.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.3.4-5+b1	313.5 kB	1,823.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.3.4-5+b1	321.4 kB	1,695.0 kB	[list of files]
riscv64	0.3.4-5+b2	305.2 kB	1,011.0 kB	[list of files]
s390x	0.3.4-5+b1	317.9 kB	1,530.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.3.4-5+b1	314.5 kB	1,053.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.3.4-5+b1	232.1 kB	2,087.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.3.4-5+b1	308.2 kB	1,285.0 kB	[list of files]