Pacote: segemehl (0.3.4-5 e outros)

[ Fonte: segemehl  ]

short read mapping with gaps

Segemehl is a software to map short sequencer reads to reference genomes. Segemehl implements a matching strategy based on enhanced suffix arrays (ESA). Segemehl accepts fasta and fastq queries (gzip'ed and bgzip'ed). In addition to the alignment of reads from standard DNA- and RNA-seq protocols, it also allows the mapping of bisulfite converted reads (Lister and Cokus) and implements a split read mapping strategy. The output of segemehl is a SAM or BAM formatted alignment file. In the case of split-read mapping, additional BED files are written to the disc. These BED files may be summarized with the postprocessing tool haarz. In the case of the alignment of bisulfite converted reads, raw methylation rates may also be called with haarz.

In brief, for each suffix of a read, segemehl aims to find the best-scoring seed. Seeds might contain insertions, deletions, and mismatches (differences). The number of differences allowed within a single seed is user-controlled and is crucial for the runtime of the program. Subsequently, seeds that undercut the user-defined E-value are passed on to an exact semi-global alignment procedure. Finally, reads with a minimum accuracy of percent are reported to the user.

Etiquetas: Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI

Outros pacotes relacionados a segemehl

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6) [sparc64]

  bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6) [sparc64]

  biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.2.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de segemehl

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	294.4 kB	1,569.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.3.4-5+b1	302.7 kB	1,283.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.3.4-5+b2	271.4 kB	1,311.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.3.4-5+b1	246.1 kB	1,137.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.3.4-5+b1	242.0 kB	777.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	280.4 kB	1,221.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.3.4-5+b1	318.5 kB	1,461.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	360.4 kB	2,550.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	288.1 kB	1,313.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	250.2 kB	1,125.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.3.4-5+b1	274.3 kB	1,520.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	313.5 kB	1,823.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.3.4-5+b1	321.4 kB	1,695.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.3.4-5+b2	305.2 kB	1,011.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.3.4-5+b1	317.9 kB	1,530.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	314.5 kB	1,053.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	232.1 kB	2,087.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.3.4-5+b1	308.2 kB	1,285.0 kB	[lista de arquivos]