Package: discosnp (1:2.6.2-3 and others) [debports]

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scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze

Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di prossima generazione).

Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati come annotazioni o genoma di riferimento.

Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni SNP trovato:

 1) la sua copertura di letture media,
 2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.

Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.

Other Packages Related to discosnp

• dep: gatb-core

  toolbox di analisi genomica con grafi di de Bruijn

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• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

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• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ppc64 (unofficial port)	1:2.6.2-3+b1	1,425.6 kB	3,263.0 kB	[list of files]