Package: stacks (2.66+dfsg-1 and others) [debports]

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catena di elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA

Stacks è una catena di software per elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA, come quelle generate sulla piattaforma Illumina. Stacks è stato sviluppato per lavorare con dati basati su enzimi di restrizione, come RAD-seq, con lo scopo di costruire mappe genetiche e condurre genomica delle popolazioni e filogeografia.

Notare che questo pacchetto installa Stacks in modo che tutti i comandi devono essere eseguiti come: $ stacks <NOME_COMANDO> <ARGOMENTI>

Other Packages Related to stacks

• dep: bsdextrautils

  utilità aggiuntive da 4.4BSD-Lite

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  modulo per creare fogli di calcolo Excel

• rec: littler

  interfaccia di GNU R per script e riga di comando -- pacchetto di transizione
  also a virtual package provided by r-cran-littler

• sug: gdb

  debugger GNU
  also a virtual package provided by gdb-minimal

Download stacks

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ia64 (unofficial port)	2.66+dfsg-1+b1	1,286.9 kB	11,193.0 kB	[list of files]