Package: bio-vcf (0.9.5-3)

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linguaggio specifico per dominio (DSL) per elaborare il formato VCF

Bio-vcf fornisce un linguaggio specifico per dominio (DSL) per elaborare il formato VCF. I campi con i nomi dei record possono essere interrogati con espressioni regolari, es.:

 sample.dp>20 and rec.filter !~ /LowQD/ and rec.tumor.bcount[rec.alt]>4

Bio-vcf è un parsificatore di nuova generazione per VCF, un filtro e un convertitore. Bio-vcf non solo è molto veloce per dati di interi genomi (WGS), ha anche un linguaggio molto bello per filtrare, valutare e riscrivere e può anche emettere in output qualsiasi tipo di dato testuale, incluse intestazioni VCF e contenuti in RDF e JSON.

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