Package: ncbi-blast+ (2.16.0+ds-6 and others)

[ Source: ncbi-blast+  ]

suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) è lo strumento per similarità di sequenze più largamente usato. Ci sono versioni di BLAST che confrontano interrogazioni su proteine con database di proteine, interrogazioni su nucleotidi con database di nucleotidi, così come versioni che traducono interrogazioni o database di nucleotidi in tutte le sei griglie di lettura e li confrontano con database o interrogazioni su proteine. PSI-BLAST produce una PSSM (position-specific-scoring-matrix, matrice di punteggio posizione-specifica) a partire da un'interrogazione su proteina, e poi usa tale PSSM per effettuare ulteriori ricerche. È anche possibile confrontare un'interrogazione per proteina o nucleotidi in un database di PSSM. NCBI gestisce una pagina web per BLAST su blast.ncbi.nlm.nih.gov così come un servizio in rete.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	2.16.0+ds-6+b1	12,804.2 kB	57,042.0 kB	[list of files]