Paquet : ncbi-blast+ (2.16.0+ds-6 et autres)

[ Paquet source : ncbi-blast+  ]

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est l'outil de similarité de séquences le plus répandu. Il existe des versions de BLAST qui comparent des séquences-test de protéine à des bases de données de protéines, des séquences-test de nucléotide à des bases de données de nucléotides, ainsi que des versions qui traduisent des séquences-test ou des bases de données de nucléotides dans tous les six cadres de lecture et les comparent à des bases de données de protéines ou à des séquences-test. PSI-BLAST produit une matrice de similarité d’alignement (PSSM — position-specific-scoring- matrix) à partir d’une séquence-test de protéine, puis utilise cette PSSM pour effectuer des recherches complémentaires. Il est aussi possible de comparer une séquence-test de protéine ou de nucléotide à une base de données de PSSM. NCBI gère une page web pour BLAST sur blast.ncbi.nlm.nih.gov ainsi qu'un service réseau.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à ncbi-blast+

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  bibliothèque de prise en charge fournissant des fonctions internes __atomic

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  bibliothèque partagée Lightning Memory-Mapped Database

• dep: libmbedcrypto16 (>= 3.6.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library

• dep: libmbedtls21 (>= 3.6.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library

• dep: libmbedx509-7 (>= 3.6.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - x509 certificate library

• dep: libnghttp2-14 (>= 1.28.0)

  bibliothèque implémentant le protocole HTTP/2 –⋅bibliothèque partagée

• dep: libpcre2-8-0 (>= 10.22)

  nouvelle bibliothèque d'expressions rationnelles compatibles Perl –⋅fichiers d'exécution⋅8⋅bits

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.6.12)

  Bibliothèque partagée SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libuv1t64 (>= 1.33.1)

  asynchronous event notification library - runtime library

• dep: ncbi-data

  données indépendantes de la plateforme pour le kit de développement du NCBI

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  Bibliothèque de compression - binaires

• enh: t-coffee

  alignement multiple de séquences

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	2.16.0+ds-6+b1	12 804,2 ko	57 042,0 ko	[liste des fichiers]