Package: apbs (3.4.1-5.1 and others)

[ Source: apbs  ]

risolutore adattivo di Poisson-Boltzmann

APBS è un pacchetto software per la risoluzione numerica delle equazioni di Poisson-Boltzmann (PBE), uno dei modelli continui più popolari per descrivere le interazioni elettrostatiche di soluti molecolari in soluzioni acquose salate. L'elettrostatica del continuo gioca un ruolo importante in molte aree di simulazione biomolecolare, incluse:

 * simulazione di processi di diffusione per determinare la cinetica
   del legame ligando-proteina o proteina-proteina;
 * dinamica molecolare del solvente implicito di biomolecole;
 * calcolo della solvatazione e dell'energia di legame per determinare le
   costanti di equilibrio del legame ligando-proteina e proteina-proteina
   e per facilitare la progettazione razionale di farmaci;
 * studi di titolazione biomolecolare.

APBS è stato progettato per valutare in modo efficiente le proprietà elettrostatiche in tali simulazioni per un'ampia gamma di larghezze di scala per permettere lo studio di molecole con decine e fino a milioni di atomi.

Questo pacchetto contiene il programma apbs e le utilità.

Tags: Field: Chemistry, Implemented in: C, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility

Other Packages Related to apbs

• dep: apbs-data (= 3.4.1-5.1)

  file di dati per APBS (Adaptive Poisson Boltzmann Solver)

• dep: libamd3 (>= 1:7.0.1)

  libreria di ordinamento al minimo grado approssimato per matrici sparse

• dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-5.1+b1) [ia64]

  risolutore adattivo di Poisson-Boltzmann

  dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-5.1+b2) [m68k, sh4]

  dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-5.1+b3) [not ia64, m68k, sh4]

• dep: libarpack2 (>= 2.1) [ia64]

  sottoroutine Fortran77 per risolvere problemi agli autovalori in larga scala

• dep: libarpack2t64 (>= 2.1) [not ia64]

  sottoroutine Fortran77 per risolvere problemi agli autovalori in larga scala

• dep: libblas3

  implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcamd3 (>= 1:7.0.1)

  libreria di ordinamento al minimo grado approssimato simmetrico per matrici sparse

• dep: libccolamd3 (>= 1:7.0.1)

  libreria di ordinamento approssimato per colonne con vincoli per matrici sparse

• dep: libcholmod5 (>= 1:7.3.1)

  libreria di fattorizzazione sparsa di Cholesky per matrici sparse

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)

  libreria di ordinamento COLAMD per matrici sparse

• dep: libfetk1.9t64 (>= 3.4.1)

  FETK libraries for APBS (shared libraries)

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libjs-mathjax

  motore di visualizzazione JavaScript per LaTeX e MathML

• dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)

  Object-oriented Abstraction Layer for C

• dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4, x32]

  Shared libraries for MPICH

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [not armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4, x32]

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: libspqr4 (>= 1:7.6.1+dfsg) [alpha, ia64]

  libreria di fattorizzazione QR sparsa

  dep: libspqr4 (>= 1:7.7.0+dfsg) [not alpha, ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libsuitesparseconfig7 (>= 1:7.0.1)

  routine di configurazione per tutti i moduli di SuiteSparse

• dep: libsuperlu6 (>= 6.0.1+dfsg1)

  Direct solution of large, sparse systems of linear equations

• dep: libumfpack6 (>= 1:7.0.1)

  libreria di fattorizzazione LU sparsa

Download apbs

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.4.1-5.1+b3	77.6 kB	1,253.0 kB	[list of files]
amd64	3.4.1-5.1+b3	76.6 kB	369.0 kB	[list of files]
arm64	3.4.1-5.1+b3	74.7 kB	1,253.0 kB	[list of files]
armel	3.4.1-5.1+b3	75.9 kB	315.0 kB	[list of files]
armhf	3.4.1-5.1+b3	72.7 kB	263.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.4.1-5.1+b3	80.1 kB	305.0 kB	[list of files]
i386	3.4.1-5.1+b3	75.7 kB	359.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.4.1-5.1+b1	88.2 kB	384.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.4.1-5.1+b2	75.5 kB	315.0 kB	[list of files]
mips64el	3.4.1-5.1+b3	76.7 kB	1,254.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.4.1-5.1+b3	82.0 kB	1,253.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.4.1-5.1+b3	80.8 kB	1,253.0 kB	[list of files]
riscv64	3.4.1-5.1+b3	76.8 kB	309.0 kB	[list of files]
s390x	3.4.1-5.1+b3	74.3 kB	312.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.4.1-5.1+b2	86.2 kB	1,235.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.4.1-5.1+b3	82.2 kB	18,538.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.4.1-5.1+b3	76.1 kB	343.0 kB	[list of files]