Balík: apbs (3.4.1-6 a iné)

[ Zdroj: apbs  ]

Adaptive Poisson Boltzmann Solver

APBS is a software package for the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation (PBE), one of the most popular continuum models for describing electrostatic interactions between molecular solutes in salty, aqueous media. Continuum electrostatics plays an important role in several areas of biomolecular simulation, including:

  * simulation of diffusional processes to determine ligand-protein and
    protein-protein binding kinetics,
  * implicit solvent molecular dynamics of biomolecules ,
  * solvation and binding energy calculations to determine
    ligand-protein and protein-protein equilibrium binding constants
    and aid in rational drug design,
  * and biomolecular titration studies.

APBS was designed to efficiently evaluate electrostatic properties for such simulations for a wide range of length scales to enable the investigation of molecules with tens to millions of atoms.

This package contains the apbs program and utilities.

Značky: Pole: Chémia, Implementované v: C, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility

Ostatné balíky súvisiace s balíkom apbs

• dep: apbs-data (= 3.4.1-5.1) [ia64]

  data files for APBS (Adaptive Poisson Boltzmann Solver)

  dep: apbs-data (= 3.4.1-6) [nie ia64]

• dep: libamd3 (>= 1:7.0.1)

  knižnica na približný minimálny stupeň usporiadania riedkych matíc

• dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-5.1+b1) [ia64]

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

  dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-6+b3) [nie ia64]

• dep: libarpack2 (>= 2.1) [ia64]

  subrutiny Fortran77 na riešenie problémov vlastných hodnôt vo veľkej miere

• dep: libarpack2t64 (>= 2.1) [nie ia64]

  subrutiny Fortran77 na riešenie problémov vlastných hodnôt vo veľkej miere

• dep: libblas3

  referenčné implementácie základnej lineárnej algebry - zdieľaná knižnica

  alebo libblas.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcamd3 (>= 1:7.0.1)

  knižnica na približné zoradenie minimálneho stupňa pre riedke matice

• dep: libccolamd3 (>= 1:7.0.1)

  knižnica približná pre aproximáty obmedzených stĺpcov riedkych matíc

• dep: libcholmod5 (>= 1:7.3.1)

  knižnica na riedku Choleskyho faktorizáciu pre riedke matice

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)

  knižnica na stĺpcovo približný minimálny stupeň usporiadania riedkych matíc

• dep: libfetk1.9t64 (>= 3.4.1)

  FETK libraries for APBS (shared libraries)

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libjs-mathjax

  jadro JavaScript na vykresľovanie pre LaTeX a MathML

• dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)

  Object-oriented Abstraction Layer for C

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libspqr4 (>= 1:7.6.1+dfsg) [ia64]

  sparse QR factorization library

  dep: libspqr4 (>= 1:7.8.3+dfsg) [nie ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libsuitesparseconfig7 (>= 1:7.0.1)

  konfiguračné funkcie pre všetky moduly SuiteSparse

• dep: libsuperlu6 (>= 6.0.1+dfsg1) [ia64]

  Direct solution of large, sparse systems of linear equations

• dep: libsuperlu7 (>= 7.0.0+dfsg1) [nie ia64]

  Direct solution of large, sparse systems of linear equations

• dep: libumfpack6 (>= 1:7.0.1)

  riedka knižnica na faktorizáciu LU

Stiahnuť apbs

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	77.8 kB	1,253.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	3.4.1-6+b3	77.4 kB	373.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	3.4.1-6+b3	75.4 kB	1,253.0 kB	[zoznam súborov]
armel	3.4.1-6+b3	77.2 kB	1,235.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	3.4.1-6+b3	74.8 kB	1,235.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	79.9 kB	305.0 kB	[zoznam súborov]
i386	3.4.1-6+b3	76.3 kB	363.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	3.4.1-5.1+b1	88.2 kB	384.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	75.7 kB	1,237.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	74.9 kB	315.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	3.4.1-6+b3	78.4 kB	1,254.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	82.6 kB	1,253.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	3.4.1-6+b3	81.4 kB	1,253.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	3.4.1-6+b3	75.4 kB	309.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	3.4.1-6+b3	75.2 kB	312.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	86.6 kB	1,235.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	81.5 kB	18,537.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	3.4.1-6+b3	76.7 kB	351.0 kB	[zoznam súborov]