Package: toppred (1.10-10) [debports]

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predizione della topologia transmembrana

Toppred è un programma per determinare la topologia di una proteina transmembrana basandosi sull'algoritmo di G. von Heijne.

Ciascuna sequenza dai dati di sequenziamento in formato fasta è elaborata e toppred genera il profilo Hydrophobycity della sequenza e i corrispondenti valori di idrofobicità nel file sequence-ID.hydro.

Inoltre, le topologie predette sono rappresentate come immagini PNG. Ciascuna topologia è memorizzata nel file sequence-ID-number.png.

Il profilo di idrofobicità è calcolato usando una finestra formata da una finestra centrale rettangolare di dimensione n, affiancata da 2 finestre triangolari di dimensione q. N.B.: rettangolare e triangolare indicano che i valori di ponderazione all'interno di tali finestre sono rispettivamente costanti e variabili.

Questo programma è una nuova implementazione del programma toppred originale, basato sull'algoritmo di G. von Heijne.

Other Packages Related to toppred

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  libreria grafica GD

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	44.3 kB	229.0 kB	[list of files]