Package: toppred (1.10-10) [debports]

[ Source:  ]

Forudsigelse af transmembrantopologi

Toppred er et program til at bestemme topologien for et transmembranprotein baseret på G. von Heijne-algoritmen.

Hver sekvens fra sekvensdata i formatet fasta behandles og toppred opretter Hydrophobycity-profilen for sekvensen og de tilsvarende hydrophobycities-værdier i filsekvensen sequence-ID.hydro.

Derudover, de forudsagte topologier repræsenteres som png-billeder. Hver topologi lagres i filen sequence-ID-number.png.

Hydrophobicity-profilen beregnes via et vindue formet af en kernerektangulært vinduesstørrelse på n, flankeret af to triangulære vinduer med størrelsen q. NB rektangulær og triangulær betyder at ponderationværdierne inden i disse vinduer er respektivt konstant og variabel.

Dette program er en ny implementering af det originale toppredprogram, baseret på G. von Heijne-algoritmen.

Other Packages Related to toppred

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  GD-grafikbibliotek

Download toppred

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	44.3 kB	229.0 kB	[list of files]