Package: pbbamtools (2.4.0+dfsg-1 and others) [debports]

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elaborazione di file binari di allineamenti/mappatura di Pacific Biosciences

Il formato BAM è un formato di contenitore binario, compresso, orientato ai record per letture di sequenze allineate o grezze. Il formato SAM associato è una rappresentazione testuale degli stessi dati. Le specifiche per BAM/SAM sono mantenute dal SAM/BAM Format Specification Working Group.

I file BAM prodotti da PacBio sono pienamente compatibili con la specifica BAM, ma fanno uso dei meccanismi di estensione della specifica BAM per codificare informazioni specifiche per PacBio.

Questo pacchetto fornisce le utilità a riga di comando per lavorare con file BAM di PacBio.

Other Packages Related to pbbamtools

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libpbbam2.4.0 (= 2.4.0+dfsg-1+b3)

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• dep: libpbcopper2.3.0 (>= 2.3.0+dfsg)

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.4.0+dfsg-1+b3	120.9 kB	686.0 kB	[list of files]