Paquet : pbbamtools (2.4.0+dfsg-1 et autres) [debports]

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processing Pacific Biosciences binary alignment/map files

The BAM format is a binary, compressed, record-oriented container format for raw or aligned sequence reads. The associated SAM format is a text representation of the same data. The specifications for BAM/SAM are maintained by the SAM/BAM Format Specification Working Group.

PacBio-produced BAM files are fully compatible with the BAM specification, but makes use of the extensibility mechanisms of the BAM specification to encode PacBio-specific information.

This package provides command-line utilities for working with PacBio BAM files.

Autres paquets associés à pbbamtools

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libpbbam2.4.0 (= 2.4.0+dfsg-1+b3)

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

• dep: libpbcopper2.3.0 (>= 2.3.0+dfsg)

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.4.0+dfsg-1+b3	120,9 ko	686,0 ko	[liste des fichiers]