Package: gubbins (2.3.5-1) [debports]

[ Source:  ]

analisi filogenetica di sequenze di genoma

Gubbins gestisce l'analisi filogenetica rapida di grandi campioni di sequenze di genomi completi di batteri ricombinanti.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) è un algoritmo che iterativamente identifica i loci contenenti elevate densità di sostituzioni di base mentre contemporaneamente costruisce una filogenia basata sulle presunte mutazioni puntuali al di fuori di tali regioni. Le simulazioni dimostrano che l'algoritmo genera ricostruzioni altamente accurate in modelli realistici di evoluzione batterica nel breve periodo e può essere eseguito in poche ore su allineamenti di centinaia di sequenze di genoma batterico.

Other Packages Related to gubbins

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-dendropy

  libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)

• dep: python3-nose

  scoperta ed esecuzione di test per test di unità di Python3

• dep: python3-reportlab

  libreria ReportLab per creare documenti PDF usando Python3

• dep: raxml

  RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

Download gubbins

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	53.5 kB	201.0 kB	[list of files]