Пакунок: gubbins (2.3.5-1) [debports]

[ Source:  ]

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Інші пакунки пов'язані з gubbins

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-nose

  test discovery and running for Python3 unittest

• dep: python3-reportlab

  Бібліотека ReportLab для створення PDF-документів за допомогою Python3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити gubbins

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	53.5 kB	201.0 kB	[список файлів]