Package: med-bio-dev (3.3)

[ Source: debian-med  ]

pacchetti Debian Med per lo sviluppo di applicazioni bioinformatiche

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per lo sviluppo di applicazioni per la ricerca biologica.

Tags: Field: Biology, Role: Metapackage, Application Suite: Debian, Purpose: Need an extra tag

Other Packages Related to med-bio-dev

• dep: med-config (= 3.3)

  pacchetto Debian Med di configurazione generale

• dep: med-tasks (= 3.3)

  task Debian Med per tasksel

• rec: bio-tradis

  analizza l'output da analisi TraDIS di sequenze genomiche

• rec: bioperl

  strumenti Perl per biologia molecolare computazionale

• rec: bioperl-run

  wrapper BioPerl: script

• rec: biosquid

  utilità per l'analisi di sequenze biologiche

• rec: cwltool

  implementazione di riferimento di Common Workflow Language

• rec: libace-perl

  accesso orientato agli oggetti per i database ACEDB

• rec: libai-fann-perl

  wrapper Perl per la libreria FANN

• rec: libbambamc-dev

  Development files for reading and writing BAM (genome alignment) files

• rec: libbamtools-dev

  API C++ per manipolare file BAM (allineamenti di genoma)

• rec: libbio-asn1-entrezgene-perl

  parser for NCBI Entrez Gene and NCBI Sequence records

• rec: libbio-chado-schema-perl

  DBIx::Class layer for the Chado database schema

• rec: libbio-coordinate-perl

  moduli BioPerl per lavorare con coordinate biologiche

• rec: libbio-das-lite-perl

  implementation of the BioDas protocol

• rec: libbio-eutilities-perl

  BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)

• rec: libbio-graphics-perl

  Generate GD images of Bio::Seq objects

• rec: libbio-mage-perl

  Container module for classes in the MAGE package: MAGE

• rec: libbio-mage-utils-perl

  Extra modules for classes in the MAGE package: MAGE

• rec: libbio-primerdesigner-perl

  modulo Perl per progettare primer per PCR usando primer3 ed epcr

• rec: libbio-samtools-perl

  interfaccia Perl alla libreria SamTools per sequenziamento di DNA

• rec: libbio-scf-perl

  Perl extension for reading and writing SCF sequence files

• rec: libbio-tools-phylo-paml-perl

  Bioperl interface to the PAML suite

• rec: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

  interfaccia Bioperl a Clustal W

• rec: libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl

  interfaccia Bioperl a T-Coffee

• rec: libbiococoa-dev

  infrastruttura per bioinformatica per GNUstep e Cocoa (file di sviluppo)

• rec: libbiojava-java

  API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)

• rec: libbiojava4-java

  API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
  also a virtual package provided by libbiojava4-java

• rec: libbioparser-dev

  library for parsing several formats in bioinformatics

• rec: libblasr-dev

  strumenti per allineamento di letture PacBio su sequenze obiettivo (file di sviluppo)

• rec: libbpp-core-dev

  file di sviluppo per la libreria principale di Bio++

• rec: libbpp-phyl-dev

  file di sviluppo della libreria per filogenetica di Bio++

• rec: libbpp-phyl-omics-dev

  libreria per filogenetica di Bio++: componenti genomici (file di sviluppo)

• rec: libbpp-popgen-dev

  file di sviluppo della libreria per genetica di popolazione di Bio++

• rec: libbpp-qt-dev

  file di sviluppo della libreria di classi grafiche Qt di Bio++

• rec: libbpp-raa-dev

  file di sviluppo della libreria per accesso acnuc remoto di Bio++

• rec: libbpp-seq-dev

  file di sviluppo della libreria per sequenze di Bio++

• rec: libbpp-seq-omics-dev

  libreria per sequenze di Bio++: componenti genomiche (file di sviluppo)

• rec: libchado-perl

  schema e strumenti per database per dati genomici

• rec: libconsensuscore-dev

  algoritmi per consenso di sequenze multiple per PacBio -- file di sviluppo

• rec: libdivsufsort-dev

  libdivsufsort header files

• rec: libedlib-dev

  libreria per allineamento di sequenze usando la distanza di modifica (sviluppo)

• rec: libfast5-dev

  libreria per leggere file FAST5 di Oxford Nanopore -- header

• rec: libfastahack-dev

  libreria per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA (sviluppo)

• rec: libffindex0-dev

  libreria per semplice indice/database per grandi quantità di piccoli file (sviluppo)

• rec: libfml-dev

  file di sviluppo per libfml

• rec: libfreecontact-dev

  fast protein contact predictor library - development files
  also a virtual package provided by libfreecontact-dev

• rec: libfreecontact-perl

  fast protein contact predictor - binding for Perl

• rec: libgatbcore-dev

  libreria di sviluppo del toolbox di analisi genomica

• rec: libgenome-dev

  toolkit per sviluppare software bioinformatico (sviluppo)

• rec: libgenome-model-tools-music-perl

  module for finding mutations of significance in cancer

• rec: libgenome-perl

  pipelines, tools, and data management for genomics

• rec: libgenometools0-dev

  file di sviluppo per GenomeTools

• rec: libgff-dev

  GFF/GTF parsing from cufflinks as a library

• rec: libgkarrays-dev

  libreria per interrogare grandi collezioni di sequenze NGS (sviluppo)

• rec: libgo-perl

  moduli Perl per GO e altre ontologie OBO

• rec: libhmsbeagle-dev

  libreria ad alte prestazioni per filogenetica bayesiana e a massima verosimiglianza (sviluppo)

• rec: libhts-dev

  file di sviluppo per HTSlib

• rec: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• rec: libjebl2-java

  Java Evolutionary Biology Library

• rec: libjloda-java

  libreria Java di strutture dati e algoritmi per la bioinformatica

• rec: libkmer-dev

  insieme di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA (libreria di sviluppo)

• rec: libmems-dev

  development library to support DNA string matching and comparative genomics

• rec: libminimap-dev

  header di sviluppo per libminimap

• rec: libmuscle-dev

  libreria di sviluppo per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• rec: libncbi-vdb-dev

  librerie per usare dati in archivi di letture di sequenze INSDC (sviluppo)

• rec: libncbi6-dev

  librerie NCBI per applicazioni biologiche (file di sviluppo)

• rec: libncl-dev

  NEXUS Class Library (libreria statica e file header)

• rec: libngs-java

  collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (collegamenti Java)

• rec: libngs-sdk-dev

  collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (sviluppo)

• rec: libnhgri-blastall-perl

  Perl extension for running and parsing NCBI's BLAST 2.x

• rec: libopenms-dev

  libreria per gestione ed analisi di dati LC/MS - file di sviluppo

• rec: libpal-java

  Phylogenetic Analysis Library

• rec: libpbbam-dev

  libreria per Binary Alignment/Map (BAM) di Pacific Biosciences (header)

• rec: libpbdata-dev

  strumenti per gestire sequenze PacBio (file di sviluppo)

• rec: libpbihdf-dev

  strumenti per gestire file hdf5 di PacBio (file di sviluppo)

• rec: libpbseq-dev

  libreria per analizzare dati di sequenziamento PacBio (file di sviluppo)

• rec: libpll-dev

  libreria per verosimiglianza filogenetica (sviluppo)

• rec: libqes-dev

  libreria per analisi di sequenze di DNA -- sviluppo

• rec: librcsb-core-wrapper0-dev

  file di sviluppo per librcsb-core-wrapper0

• rec: librdp-taxonomy-tree-java

  libreria per alberi tassonomici dal Ribosomal Database Project (RDP)

• rec: librelion-dev

  API C++ per RELION (ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica)

• rec: librg-blast-parser-perl

  very fast NCBI BLAST parser - binding for Perl

• rec: librg-reprof-bundle-perl

  protein secondary structure and accessibility predictor (perl module)

• rec: librostlab-blast0-dev

  very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (devel)

• rec: librostlab3-dev

  C++ library for computational biology (development)

• rec: libsbml5-dev

  libreria System Biology Markup Language - file di sviluppo

• rec: libseqlib-dev

  C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data (dev)

• rec: libsmithwaterman-dev

  determina regioni simili tra due stringhe o sequenze genomiche (sviluppo)

• rec: libsnp-sites1-dev

  librerie statiche e file header per il pacchetto snp-sites

• rec: libsort-key-top-perl

  Perl module to select and sort top n elements of a list

• rec: libspoa-dev

  SIMD partial order alignment library (development files)

• rec: libsrf-dev

  implementazione C++ del formato SRF per dati di sequenze di DNA

• rec: libssm-dev

  macromolecular superposition library - development files

• rec: libssw-dev

  Development headers and static libraries for libssw
  also a virtual package provided by libssw-dev

• rec: libssw-java

  Java bindings for libssw

• rec: libstaden-read-dev

  file di sviluppo per libstaden-read

• rec: libstatgen-dev

  development files for the libStatGen

• rec: libswiss-perl

  API Perl per il database UniProt

• rec: libtabixpp-dev

  C++ wrapper to tabix indexer (development files)
  also a virtual package provided by libtabixpp-dev

• rec: libtfbs-perl

  scanning DNA sequence with a position weight matrix

• rec: libthread-pool-dev

  C++ thread pool library (devel)

• rec: libvcflib-dev

  libreria C++ per analizzare e manipolare file VCF (sviluppo)

• rec: libvibrant6-dev

  librerie NCBI per applicazioni grafiche di biologia (file di sviluppo)

• rec: libzerg-perl

  fast perl module for parsing the output of NCBI BLAST programs

• rec: libzerg0-dev

  development libraries and header files for libzerg

• rec: mcl

  algoritmo Cluster di Markov

• rec: pyfai

  script per integrazione azimutale veloce

• rec: python-biom-format

  formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 2)

• rec: python-cogent

  infrastruttura per biologia genomica

• rec: python-corepywrap

  libreria che esporta metodi di accesso C++ mmCIF in Python

• rec: python-freecontact

  fast protein contact predictor - binding for Python

• rec: python-htseq

  utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python
  also a virtual package provided by python3-htseq

• rec: python-kineticstools

  rilevazione di modifiche al DNA (libreria Python 2)

• rec: python-pbcommand

  interfaccia comune a riga di comando per moduli di analisi di Pacific Biosciences

• rec: python-pbcore

  libreria Python 2 per elaborare file di dati PacBio

• rec: python-pbh5tools

  strumenti per manipolare file HDF5 da Pacific Biosciences -- libreria Python 2

• rec: python-rdkit

  raccolta di software per chemioinformatica e apprendimento automatico

• rec: python3-airr

  Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

• rec: python3-bcbio

  libreria per analizzare dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• rec: python3-biomaj3

  libreria per gestione del flusso di lavoro BioMAJ

• rec: python3-biopython

  libreria Python per bioinformatica (implementata in Python 3)

• rec: python3-biotools

  utilità bioinformatiche per Python 3 per sequenziamento genomico ad alte prestazioni

• rec: python3-bx

  library to manage genomic data and its alignment

• rec: python3-cobra

  modellazione di reti biologiche basata su vincoli con Python 3

• rec: python3-csb

  infrastruttura Python per bioinformatica strutturale (versione Python3)

• rec: python3-cutadapt

  pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni (Python 3)

• rec: python3-cyvcf2

  VCF parser based on htslib (Python 3)

• rec: python3-dendropy

  libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)

• rec: python3-fast5

  libreria per leggere file FAST5 di Oxford Nanopore -- Python 3

• rec: python3-gfapy

  flexible and extensible software library for handling sequence graphs

• rec: python3-gffutils

  lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile

• rec: python3-intervaltree-bio

  comode classi per alberi di intervalli per dati genomici -- libreria Python 3

• rec: python3-ngs

  collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (collegamenti Python 3)

• rec: python3-pbconsensuscore

  algoritmi per consenso di sequenze multiple per PacBio -- Python 3

• rec: python3-presto

  toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T

• rec: python3-pybedtools

  wrapper in Python 3 intorno a BEDTools per lavori di bioinformatica

• rec: python3-pybel

  linguaggio per espressioni biologiche

• rec: python3-pyfaidx

  accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3

• rec: python3-pymummer

  interfaccia Python 3 per MUMmer

• rec: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• rec: python3-pyvcf

  analizzatore di Variant Call Format (VCF) per Python 3

• rec: python3-ruffus

  libreria per pipeline elaborativa di Python 3 ampiamente usata in bioinformatica

• rec: python3-screed

  utilità per sequenze di letture di nucleotidi corte in Python 3

• rec: python3-sqt

  SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

• rec: python3-treetime

  inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)

• rec: r-bioc-biobase

  funzioni base per Bioconductor

• rec: r-cran-genetics

  pacchetto GNU R per genetica di popolazione

• rec: r-cran-haplo.stats

  pacchetto GNU R per l'analisi degli aplotipi

• rec: r-cran-phylobase

  GNU R base package for phylogenetic structures and comparative data

• rec: r-cran-rncl

  interfaccia GNU R alla Nexus Class Library

• rec: r-cran-rnexml

  pacchetto GNU R per I/O semanticamente ricco per il formato "NeXML"

• rec: ruby-bio

  strumenti Ruby per la biologia molecolare computazionale

• rec: ruby-crb-blast

  Run conditional reciprocal best blast

• rec: sbmltoolbox

  toolbox libsbml per Octave e MATLAB

• rec: seqan-dev

  libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche (sviluppo)

• rec: snakemake

  sistema di gestione dei flussi di lavoro in Python

• rec: toil

  motore per flusso di lavoro multipiattaforma

• sug: bioclipse

  Package not available

• sug: ctdconverter

  converte file CTD in file per lo strumento Galaxy e per CWL CommandLineTool

• sug: galaxy-lib

  Package not available

• sug: libbam-dev

  manipulates nucleotide sequence alignments in BAM or SAM format

• sug: libbigwig-dev

  Package not available

• sug: libbiod-dev

  Package not available

• sug: libdisorder-dev

  libreria per la misura dell'entropia di flussi di byte (sviluppo)

• sug: libforester-java

  Package not available

• sug: libfreecontact-doc

  documentation for libfreecontact

• sug: libgoby-java

  Package not available

• sug: libgtextutils-dev

  libreria Gordon Text_utils (file di sviluppo)

• sug: libmilib-java

  libreria per elaborazione di dati di Next Generation Sequencing (NGS)

• sug: libmodhmm-dev

  library for constructing, training and scoring hidden Markov models (dev)

• sug: libnexml-java

  Package not available

• sug: libpbcopper-dev

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications -- header files

• sug: libqcpp-dev

  Package not available

• sug: libroadrunner-dev

  Package not available

• sug: librostlab-blast-doc

  very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (doc)

• sug: librostlab-doc

  C++ library for computational biology (documentation)

• sug: libsvmloc-dev

  PSORTb adapted library for svm machine-learning library (dev)

• sug: libswarm2-dev

  Package not available

• sug: mgltools-networkeditor

  Python GUI library for the editing of networks

• sug: mgltools-pybabel

  molecular structure file access and interpretation

• sug: mgltools-vision

  Python-based Visual Programming Environment

• sug: octace-bioinfo

  Package not available

• sug: python-biopython-doc

  documentazione per la libreria Biopython

• sug: python-mmtk

  Package not available

• sug: python-pyflow

  leggero motore per compiti paralleli per Python

• sug: python-roadrunner

  Package not available

• sug: python-screed

  Package not available

• sug: python3-biopython-sql

  gestione dello schema di database BioSQL per Biopython (Python 3)

• sug: python3-cgecore

  Package not available

• sug: python3-consensuscore2

  Package not available

• sug: python3-ctdopts

  conferisce agli strumenti Python un'interfaccia compatibile con CTD

• sug: python3-ete3

  Package not available

• sug: python3-hyphy

  Package not available

• sug: python3-mirtop

  Package not available

• sug: python3-misopy

  Package not available

• sug: python3-seqcluster

  Package not available

• sug: python3-skbio

  Package not available

• sug: r-bioc-affy

  metodi BioConductor per array di oligonucleotidi dell'Affymetrix

• sug: r-bioc-affyio

  strumenti BioConductor per analizzare file di dati Affymetrix

• sug: r-bioc-altcdfenvs

  ambienti CDF alternativi per BioConductor

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• sug: r-bioc-biocgenerics

  funzioni generiche per Bioconductor

• sug: r-bioc-biomart

  interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)

• sug: r-bioc-biomformat

  pacchetto di interfaccia per GNU R per il formato di file BIOM

• sug: r-bioc-biovizbase

  utilità grafiche di base per GNU R per la visualizzazione di dati genomici

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• sug: r-bioc-genomicalignments

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-bioc-genomicranges

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• sug: r-bioc-graph

  gestisce strutture di dati di grafi per BioConductor

• sug: r-bioc-hypergraph

  strutture di dati di ipergrafi per Bioconductor

• sug: r-bioc-iranges

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• sug: r-bioc-makecdfenv

  BioConductor CDF Environment Maker

• sug: r-bioc-preprocesscore

  raccolta di funzioni di pre-elaborazione per BioConductor

• sug: r-bioc-rbgl

  interfaccia R agli algoritmi per grafi contenuti nella libreria BOOST

• sug: r-bioc-rsamtools

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• sug: r-bioc-shortread

  classi e metodi GNU R per grosse moli di dati di sequenziamento short-read

• sug: r-bioc-snpstats

  classi e metodi SnpMatrix e XSnpMatrix per BioConductor

• sug: r-bioc-variantannotation

  annotazione di varianti genetiche per BioConductor

• sug: r-bioc-xvector

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

• sug: r-cran-natserv

  interfaccia GNU R a "NatureServe"

• sug: r-cran-rentrez

  interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI

• sug: r-cran-rocr

  pacchetto GNU R per preparare e visualizzare curve ROC

• sug: ruby-rgfa

  parse, edit and write GFA format graphs in Ruby

• sug: vdjtools

  Package not available

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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