Package: med-bio-dev (3.3)

[ Source: debian-med  ]

Debian Med-pakker til udvikling af bioinformatikprogrammer

Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige til udvikling af programmer indenfor biologisk forskning.

Tags: Field: Biology, Role: Metapackage, Application Suite: Debian, Purpose: Need an extra tag

Other Packages Related to med-bio-dev

• dep: med-config (= 3.3)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

• dep: med-tasks (= 3.3)

  Debian Med-opgaver for tasksel

• rec: bio-tradis

  Analyser resultatet fra TraDIS-analyser med genomsekvenser

• rec: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• rec: bioperl-run

  BioPerl-omslag: skripter

• rec: biosquid

  Redskaber for biologisk sekvensanalyse

• rec: cwltool

  Common Workflow Language - referenceimplementering

• rec: libace-perl

  Objektorienteret adgang til ACEDB-databaser

• rec: libai-fann-perl

  Perlomslag for FANN-biblioteket

• rec: libbambamc-dev

  Udviklingsfiler for læsning og skrivning af BAM-filer (arvemassejustering)

• rec: libbamtools-dev

  C++-API for manipulation af BAM-filer (genomsammenligning)

• rec: libbio-asn1-entrezgene-perl

  Fortolker for NCBI Entrez GENE- og NCBI SEquence-poster

• rec: libbio-chado-schema-perl

  DBIx::Class-lag for Chado-databaseskemaet

• rec: libbio-coordinate-perl

  BioPerl-moduler til arbejdet med biologiske koordinater

• rec: libbio-das-lite-perl

  Implementering af BioDas-protokollen

• rec: libbio-eutilities-perl

  BioPerl-grænseflade til Entrez Programming Utilities - E-utilities

• rec: libbio-graphics-perl

  Opret GD-aftryk af Bio::Seq-objekter

• rec: libbio-mage-perl

  Containermodul for klasser i MAGE-pakken: MAGE

• rec: libbio-mage-utils-perl

  Ekstra moduler for klasser i MAGE-pakken: MAGE

• rec: libbio-primerdesigner-perl

  Perlmodul til design af PCC-primere der bruger primer3 og epcr

• rec: libbio-samtools-perl

  Perlgrænseflade til SamTools-biblioteket for DNA-sekventering

• rec: libbio-scf-perl

  Perludvidelse til at læse og skrive SCF-sekvensfiler

• rec: libbio-tools-phylo-paml-perl

  Bioperl-grænseflade til PAML-programpakken

• rec: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

  Bioperl-grænseflade til Clustal W

• rec: libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl

  Bioperl-grænseflade til T-Coffee

• rec: libbiococoa-dev

  Bioinformatik-ramme for GNUstep og Cocoa - udviklingsfiler

• rec: libbiojava-java

  Java API to biological data and applications (default version)

• rec: libbiojava4-java

  Java-API til biologiske data og programmer - standardversion
  also a virtual package provided by libbiojava4-java

• rec: libbioparser-dev

  Bibliotek til at fortolker flere formater i bioinformatik

• rec: libblasr-dev

  Værktøjer til at sammenligne PacBio-læsninger med målsekvenser - udviklingsfiler

• rec: libbpp-core-dev

  Bio++-basisbibliotek - udviklingsfiler

• rec: libbpp-phyl-dev

  Bio++ Phylogenetic-bibliotek - udviklingsfiler

• rec: libbpp-phyl-omics-dev

  Bio++-fylogenetikbibliotek: genomiske komponenter - udviklingsfiler

• rec: libbpp-popgen-dev

  Bio++-populationsgenetikbibliotek - udviklingsfiler

• rec: libbpp-qt-dev

  Bio++ Qt-grafik klassebibliotek - udviklingsfiler

• rec: libbpp-raa-dev

  Bio++-eksternt Acnus-adgangsbibliotek - udviklingsfiler

• rec: libbpp-seq-dev

  Bio++-sekvensbibliotek - udviklingsfiler

• rec: libbpp-seq-omics-dev

  Bio++-sekvensbibliotek: genomiske komponenter - udviklingsfiler

• rec: libchado-perl

  Databaseskema og værktøjer for genomdata

• rec: libconsensuscore-dev

  Algoritmer for PacBio multiple sequence consensus - udviklingsfiler

• rec: libdivsufsort-dev

  Teksthovedfiler for libdivsufsort

• rec: libedlib-dev

  Sekvenssammenligningsbibliotek der bruger edit distance - udvikling

• rec: libfast5-dev

  Bibliotek for læsning af Oxford Nanopore Fast5-filer - teksthoveder

• rec: libfastahack-dev

  Bibliotek for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer - udvikling

• rec: libffindex0-dev

  Simpelt indeks/database for store mængder af små filer - udvikling

• rec: libfml-dev

  Udviklingsteksthoveder for libfml

• rec: libfreecontact-dev

  Hurtig protein-kontaktprædiktorbibliotek - udviklingsfiler
  also a virtual package provided by libfreecontact-dev

• rec: libfreecontact-perl

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - binding for Perl

• rec: libgatbcore-dev

  Udviklingsbibliotek for Genome Analysis Toolbox

• rec: libgenome-dev

  Værktøjssæt til at udvikle bioinformatik-relaterede programmer - udvikling

• rec: libgenome-model-tools-music-perl

  Modul til at finde væsentlige mutationer i kræft

• rec: libgenome-perl

  Datakanaler, værktøjer og datahåndtering for genomik

• rec: libgenometools0-dev

  Udviklingsfiler for GenomeTools

• rec: libgff-dev

  GFF/GTF-fortolkning fra cufflinks som et bibliotek

• rec: libgkarrays-dev

  Bibliotek til at forespørge en stor samling af NGS-sekvenser - udvikling

• rec: libgo-perl

  Perlmoduler for Go og andre OBO-ontologier

• rec: libhmsbeagle-dev

  Højtydende bibliotek for bayesiansk og Maximum Likelihood-fylogeni - udvik.

• rec: libhts-dev

  Udviklingsfiler for HTSlib

• rec: libhtsjdk-java

  Java API for høj-gennemløbs sekventeringsdata (HTS) - formater

• rec: libjebl2-java

  Java Evolutionary Biology-bibliotek

• rec: libjloda-java

  Javabibliotek for datastrukturer og algoritmer for bioinformatik

• rec: libkmer-dev

  Værktøjspakke for DNA-sekvensanalyse - udviklingsbiblioteker

• rec: libmems-dev

  Udviklingsbibliotek til at understøtte DNA-strengmatchning og komparativ genomik

• rec: libminimap-dev

  Udviklingsteksthoveder for libminimap

• rec: libmuscle-dev

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser - udviklingsbibliotek

• rec: libncbi-vdb-dev

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives (devel)

• rec: libncbi6-dev

  NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - udviklingsfiler

• rec: libncl-dev

  NEXUS-klassebibliotek - statisk bibliotek og teksthovedfiler

• rec: libngs-java

  Next Generation Sequencing-sprogbindinger - Javabindinger

• rec: libngs-sdk-dev

  Next Generation Sequencing language Bindings (development)

• rec: libnhgri-blastall-perl

  Perludvidelse for afvikling og fortolkning af NCBI's BLAST 2.x

• rec: libopenms-dev

  Bibliotek for LC/MS-datahåndtering og analyse - udviklingsfiler

• rec: libpal-java

  Phylogenetic Analysis Library

• rec: libpbbam-dev

  Pacific Biosciences binære sammenlignings-/oversættelsesbibliotek (BAM) - teksthoveder

• rec: libpbdata-dev

  Værktøjer til at håndtere PacBio-sekvenser - udviklingsfiler

• rec: libpbihdf-dev

  Værktøjer til at håndtere PacBio hdf5-filer - udvikingsfiler

• rec: libpbseq-dev

  Bibliotek til at håndtere PacBio-sekvenseringsdata - udviklingsfiler

• rec: libpll-dev

  Fylogenetisk sandsynlighedsbibliotek - udvikling

• rec: libqes-dev

  DNA-sekvensfortolkningsbibliotek - udvikling

• rec: librcsb-core-wrapper0-dev

  Udviklingsfiler for librcsb-core-wrapper0

• rec: librdp-taxonomy-tree-java

  Bibliotek til taxonomitræ fra Ribosomal Database Projetct (RDP)

• rec: librelion-dev

  C++ API for RELION (3D reconstructions in cryo-electron microscopy)

• rec: librg-blast-parser-perl

  Meget hurtig NCBI BLAST-fortolker - binding for Perl

• rec: librg-reprof-bundle-perl

  Proteinsekundær struktur- og tilgængelighedsprædiktor - Perlmodul

• rec: librostlab-blast0-dev

  Meget hurtigt C++-bibliotek til at fortolke resultatet af NCBI BLAST-programmer - udvikling

• rec: librostlab3-dev

  C++-bibliotek for beregningsbiologi - udvikling

• rec: libsbml5-dev

  System Biology Markup Language-bibliotek - udviklingsfiler

• rec: libseqlib-dev

  C++ htslib/bwa-mem/fermi-grænseflade for interrogating sequence-data - udv.

• rec: libsmithwaterman-dev

  Bestem lignende regioner mellem to strenge eller genomsekvenser - udvikling

• rec: libsnp-sites1-dev

  Statiske biblioteker og teksthovedfiler for pakken snp-sites

• rec: libsort-key-top-perl

  Perlmodul til at vælge og sortere top n elementer for en liste

• rec: libspoa-dev

  SIMD-sammenligningsværktøj for partial order - udviklingsfiler

• rec: libsrf-dev

  C++-implementering af SRF-formatet for DNA-sekvensdata

• rec: libssm-dev

  Makromolekylær superposition-bibliotek - udviklingsfiler

• rec: libssw-dev

  Udviklingsteksthoveder og statiske biblioteker for libssw
  also a virtual package provided by libssw-dev

• rec: libssw-java

  Javabindinger for libssw

• rec: libstaden-read-dev

  Udviklingsfiler for libstaden-read

• rec: libstatgen-dev

  Udviklingsfiler for libStatGen

• rec: libswiss-perl

  Perl-API til UniProt-databasen

• rec: libtabixpp-dev

  C++-omslag til tabix-indekseringsprogram - udviklingsfiler
  also a virtual package provided by libtabixpp-dev

• rec: libtfbs-perl

  Skanning af en DNA-sekvens med en positionsvægtet matrix

• rec: libthread-pool-dev

  C++ thread pool library (devel)

• rec: libvcflib-dev

  C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer - udvikling

• rec: libvibrant6-dev

  NCBI-biblioteker for grafiske biologiprogrammer - udviklingsfiler

• rec: libzerg-perl

  Hurtigt Perlmodul til at fortolke resultatet af NCBI BLAST-programmer

• rec: libzerg0-dev

  Udviklingsbiblioteker og teksthovedfiler for libzerg

• rec: mcl

  Markov Cluster-algoritmen

• rec: pyfai

  Fast Azimuthal Integration-skripter

• rec: python-biom-format

  Biological Observation Matrix-format (BIOM) - Python 2

• rec: python-cogent

  Ramme for genomisk biologi

• rec: python-corepywrap

  library that exports C++ mmCIF accessors to Python

• rec: python-freecontact

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - binding for Python

• rec: python-htseq

  Python high-throughput genome sequencing read analysis utilities
  also a virtual package provided by python3-htseq

• rec: python-kineticstools

  detection of DNA modifications (Python 2 library)

• rec: python-pbcommand

  common command-line interface for Pacific Biosciences analysis modules

• rec: python-pbcore

  Python 2-bibliotek for behandling af PacBio-datafiler

• rec: python-pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files -- Python 2 library

• rec: python-rdkit

  Program til indsamling af cheminformatics og maskinlæring

• rec: python3-airr

  Data Representation Standard-bibliotek for antibody- og TCR-sekvenser

• rec: python3-bcbio

  library for analysing high-throughput sequencing data

• rec: python3-biomaj3

  BioMAJ-bibliotek til arbejdsforløb

• rec: python3-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)

• rec: python3-biotools

  Python 3-bioinformatikredskaber for høj-gennemløb genomsekventering

• rec: python3-bx

  library to manage genomic data and its alignment

• rec: python3-cobra

  Begrænsningsbaseret modellering af biologiske netværk med Python 3

• rec: python3-csb

  Pythonramme for strukturel bioinformatik - Python 3-version

• rec: python3-cutadapt

  Rens biologiske sekvenser fra sekvenslæsninger med høj gennemløb - Python 3

• rec: python3-cyvcf2

  VCF-fortolker baseret på htslib - Python 3

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• rec: python3-fast5

  Bibliotek til at læse Oxford nanopore Fast 3-filer - Python 3

• rec: python3-gfapy

  Fleksibelt og udvideligt programbibliotek til at håndtere sekvensgrafer

• rec: python3-gffutils

  Arbejd med GFF- og GTF-filer i en fleksibel databaseramme

• rec: python3-intervaltree-bio

  Interval tree-praktiske klasser for genomiske data - Python 3-bibliotek

• rec: python3-ngs

  Next Generation Sequencing-sprogbindinger - Python 3-bindinger

• rec: python3-pbconsensuscore

  Algoritmer for PacBio multiple sequence consensus - Python 3

• rec: python3-presto

  Værktøjssæt til at behandle B- og T-cellesekvenser

• rec: python3-pybedtools

  Python 3-omslag omkring BEDTools for bioinformatikarbejde

• rec: python3-pybel

  Biologisk udtrykssprog

• rec: python3-pyfaidx

  Effektiv vilkårlig adgang til fasta-undersekvenser for Python 3

• rec: python3-pymummer

  Python 3-grænseflade til MUMmer

• rec: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• rec: python3-pyvcf

  Variant Call Format-fortolker (VCF) for Python 3

• rec: python3-ruffus

  Python 3-bibliotek til beregning af datakanaler brugt indenfor bioinformatik

• rec: python3-screed

  Korte nukleotide læsesekvensredskaber i Python 3

• rec: python3-sqt

  SeQuencing-værktøjer for biologiske DNA/RNA-data med høj gennemløb

• rec: python3-treetime

  Inferens af tidsstemplede fylogenier og forfædres rekonstruktion - Python 3

• rec: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• rec: r-cran-genetics

  GNU R-pakke for befolkningsgenetik

• rec: r-cran-haplo.stats

  GNU R-pakke for haplotype-analyse

• rec: r-cran-phylobase

  GNUR-grundpakke for fylogenetiske strukturer og komparative data

• rec: r-cran-rncl

  GNU R-grænseflade til Nexus Class-biblioteket

• rec: r-cran-rnexml

  GNU R-pakke til semantisk at berige I/O for formatet »NeXML«

• rec: ruby-bio

  Ruby-værktøjer til beregningsmolekylær biologi

• rec: ruby-crb-blast

  Kør betinget gensidig bedste BLAST

• rec: sbmltoolbox

  Libsbml - værktøjsboks for octave og matlab

• rec: seqan-dev

  C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser - udvikling

• rec: snakemake

  Pythonisk system for håndtering af arbejdsforløb

• rec: toil

  Arbejdsgangsmotor for flere platforme

• sug: bioclipse

  Package not available

• sug: ctdconverter

  Konverter CTD-filer til Galaxy-værktøj og CWL CommandLIneTool-filer

• sug: galaxy-lib

  Package not available

• sug: libbam-dev

  Manipulerer nukleotide sekvenssammenligninger i BAM- eller SAM-format

• sug: libbigwig-dev

  Package not available

• sug: libbiod-dev

  Package not available

• sug: libdisorder-dev

  Bibliotek til entropimåling af bytestrømme - udvikling

• sug: libforester-java

  Package not available

• sug: libfreecontact-doc

  Dokumentation for libfreecontact

• sug: libgoby-java

  Package not available

• sug: libgtextutils-dev

  Gordon Text_utils-bibliotek - udviklingsfiler

• sug: libmilib-java

  Bibliotek for Next Generation Sequencing-databehandling (NGS)

• sug: libmodhmm-dev

  Bibliotek til at konstruere, træne og bedømme skjulte Markov-modeller - udvikling

• sug: libnexml-java

  Package not available

• sug: libpbcopper-dev

  Datastrukturer, algoritmer og redskaber for C++-programmer - teksthovedfiler

• sug: libqcpp-dev

  Package not available

• sug: libroadrunner-dev

  Package not available

• sug: librostlab-blast-doc

  Meget hurtigt C++-bibliotek til at fortolke resultatet af NCBI BLAST-programmer - dok.

• sug: librostlab-doc

  C++-bibliotek for beregningsbiologi - dokumentation

• sug: libsvmloc-dev

  PSORTb-tilpasset bibliotek for svm-maskinlæringsbiblioteket - udvikling

• sug: libswarm2-dev

  Package not available

• sug: mgltools-networkeditor

  Python GUI library for the editing of networks

• sug: mgltools-pybabel

  molecular structure file access and interpretation

• sug: mgltools-vision

  Python-based Visual Programming Environment

• sug: octace-bioinfo

  Package not available

• sug: python-biopython-doc

  Dokumentation for biblioteket Biopython

• sug: python-mmtk

  Package not available

• sug: python-pyflow

  Simpel parallel opgavemotor for Python

• sug: python-roadrunner

  Package not available

• sug: python-screed

  Package not available

• sug: python3-biopython-sql

  Biopython support for the BioSQL database schema (Python 3)

• sug: python3-cgecore

  Package not available

• sug: python3-consensuscore2

  Package not available

• sug: python3-ctdopts

  Giver dine Pythonværktøjer en CTD-kompatibel grænseflade

• sug: python3-ete3

  Package not available

• sug: python3-hyphy

  Package not available

• sug: python3-mirtop

  Package not available

• sug: python3-misopy

  Package not available

• sug: python3-seqcluster

  Package not available

• sug: python3-skbio

  Package not available

• sug: r-bioc-affy

  BioConductor-metoder for Affymetrix Oligonucleotide Arrays

• sug: r-bioc-affyio

  BioConductor-værktøjer for fortolkning af Affymetrix-datafiler

• sug: r-bioc-altcdfenvs

  BioConductor - alternative CDF-miljøer

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• sug: r-bioc-biocgenerics

  Generiske funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-biomart

  GNU R Interface til BioMart-databsaer (Ensembl, COSMIC, Wormbase og Gramene)

• sug: r-bioc-biomformat

  GNU R-grænsefladepakke for filformatet BIOM

• sug: r-bioc-biovizbase

  GNU R-grundlæggende grafiske redskaber for visualsiering af genomiske data

• sug: r-bioc-bsgenome

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• sug: r-bioc-genomicalignments

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• sug: r-bioc-genomicranges

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• sug: r-bioc-graph

  Håndtere grafdatastrukturer for BioConductor

• sug: r-bioc-hypergraph

  BioConductor - hypergraf-datastrukturer

• sug: r-bioc-iranges

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• sug: r-bioc-makecdfenv

  BioConductor CDF Environment Maker

• sug: r-bioc-preprocesscore

  BioConductor - samling af forbrænderfunktioner

• sug: r-bioc-rbgl

  R-grænseflade til grafalgoritmerne indeholdt i BOOST-biblioteket

• sug: r-bioc-rsamtools

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• sug: r-bioc-shortread

  GNU R - klasser og metoder for høj-gennemløb kort-læsning sekventeringsdata

• sug: r-bioc-snpstats

  BioCondutor - SnpMatrix- og XSnpMatrix-klasser og metoder

• sug: r-bioc-variantannotation

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• sug: r-bioc-xvector

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• sug: r-cran-natserv

  GNU R »NatureServe«-grænseflade

• sug: r-cran-rentrez

  GNU R-grænseflade til NCBI's EUtils API

• sug: r-cran-rocr

  GNU R-pakke til at forberede og vise ROC-kurver

• sug: ruby-rgfa

  Fortolk, rediger og skriv grafer i GFA-formatet i Ruby

• sug: vdjtools

  Package not available

Download med-bio-dev

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	17.2 kB	40.0 kB	[list of files]