Package: mafft (7.407-2)

[ Source: mafft  ]

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre metodi orientati all'accuratezza:

  * L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200
    sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora
    informazioni sull'allineamento locale di coppie);
  * G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per
    meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che
    incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
  * E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non
    allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze);

e cinque metodi orientati alla velocità:

  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);
  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000
    iterazioni);
  * FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
  * FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze;
    metodo progressivo con un albero guida grezzo);
  * NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo
    progressivo con l'algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• rec: blast2

  pacchetto fittizio di transizione per ncbi-blast+-legacy

• rec: libwww-perl

  interfaccia semplice e coerente al world-wide web

• rec: lynx

  browser web non grafico (modalità testuale) classico

• rec: ruby

  interprete per il linguaggio di scripting orientato agli oggetti Ruby (versione predefinita)

• enh: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

Download mafft

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	976.0 kB	10,852.0 kB	[list of files]
arm64	852.7 kB	9,972.0 kB	[list of files]
armhf	700.1 kB	7,144.0 kB	[list of files]
i386	886.3 kB	11,784.0 kB	[list of files]