Package: conservation-code (20110309.0-7)

[ Source: conservation-code  ]

Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens

Denne pakke indeholder score_conservation(1), et værktøj til at bedømme bevaring af proteinsekvenser.

Følgende metoder til at bedømme bevaring er implementeret:

 * sum af par
 * vægtet sum af par
 * Shannon-entropi
 * Shannon-entropi med egenskabsgruppering (Mirny and Shakhnovich 1995,
   Valdar and Thornton 2001)
 * relativ entropi med egenskabsgruppering (Williamson 1995)
 * von Neumann-entropi (Caffrey et al 2004)
 * relativ entropi (Samudrala and Wang 2006)
 * Jensen-Shannon divergens (Capra and Singh 2007)

En vinduesbaseret udvidelse, som inkorporerer den estimerede bevarelse af tilstødende aminosyrerester i scoren for hver søjle, er også inkluderet. Den vinduesbaseret tilgang kan anvendes på alle metoder til bedømmelse af bevaring.

Programmet accepterer sammenligninger i CLUSTAL- og FASTA-formaterne.

Det sekvensspecifikke resultat kan bruges som input til pakken concavity.

Bevaring er yderst prædiktiv i identifikation af katalytiske sites og aminosyrerester i nærheden af bundne ​​ligander.

Other Packages Related to conservation-code

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• dep: python-numpy

  Numerisk Python tilføjer en hurtig vektor-/array-facilitet til Pythonsproget

• enh: concavity

  Forudsigelse af proteinligandbindingssteder fra struktur og bevaring

Download conservation-code

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	23.1 kB	113.0 kB	[list of files]