Package: gbrowse (2.56+dfsg-4)

[ Source: gbrowse  ]

browser generico per genoma di GMOD

Generic Genome Browser è un browser per genoma, basato sul web, semplice ma altamente configurabile. È un componente del progetto GMOD (Generic Model Organism Systems Database). Alcune delle sue caratteristiche sono:

 * viste simultanee a volo d'uccello e dettagliata del genoma;
 * scorrimento, ingrandimento e centratura;
 * inclusione di URL arbitrari a qualsiasi annotazione;
 * l'ordine e l'aspetto delle tracce sono personalizzabili
   dall'amministratore e dall'utente finale;
 * ricerca in base a ID, nome o commenti;
 * gestione di annotazioni di terze parti usando i formati GFF;
 * impostazioni persistenti tra le sessioni;
 * dump di DNA e GFF;
 * connettività con database diversi, inclusi BioSQL e Chado;
 * supporto per più lingue;
 * caricamento di funzionalità di terze parti;
 * architettura a plugin personalizzabile (ad esempio, esecuzione di
   BLAST, dump & importazione di molti formati, ricerca di
   oligonucleotidi, progettazione di primer, creazione di mappe di
   restrizione, modifica delle caratteristiche).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::web, Role: Program, Purpose: Analysing, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

Other Packages Related to gbrowse

• dep: apache2 (>= 2.4)

  server HTTP Apache

  or httpd-cgi

  virtual package provided by apache2, lighttpd, mini-httpd, nginx-extras, nginx-full, nginx-light, tntnet, yaws

• dep: bioperl

  strumenti Perl per biologia molecolare computazionale

• dep: libbio-coordinate-perl

  moduli BioPerl per lavorare con coordinate biologiche

• dep: libbio-graphics-perl (>= 2.31)

  Generate GD images of Bio::Seq objects

• dep: libcgi-session-perl

  dati di sessione persistenti in applicazioni CGI

• dep: libdbd-sqlite3-perl

  driver DBI per Perl con un RDBMS autosufficiente

• dep: libgd-gd2-noxpm-perl

  virtual package provided by libgd-perl

  or libgd-gd2-perl

  virtual package provided by libgd-perl

• dep: libhttp-daemon-perl

  semplice classe per server HTTP

• dep: libio-string-perl

  emula l'interfaccia IO::File per stringhe in-core

• dep: libjs-prototype

  infrastruttura JavaScript per applicazioni web dinamiche

• dep: libjs-scriptaculous

  libreria JavaScript per applicazioni web dinamiche

• dep: libjson-perl

  modulo per manipolare dati in formato JSON

• dep: libstatistics-descriptive-perl

  modulo Perl per funzioni di base di statistica descrittiva

• dep: libterm-readkey-perl

  modulo Perl per semplice controllo del terminale

• dep: libvm-ec2-perl

  module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus

• dep: libwww-perl

  interfaccia semplice e coerente al world-wide web

• dep: lsb-base

  funzionalità per script di inizializzazione di Linux Standard Base

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: sqlite3

  interfaccia a riga di comando per SQLite 3

• rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

  server HTTP Apache

  or httpd

  virtual package provided by apache2, ebhttpd, lighttpd, micro-httpd, mini-httpd, nginx-extras, nginx-full, nginx-light, tntnet, webfs, yaws

• sug: gbrowse-calign

  strumento ausiliario CAlign

• sug: gbrowse-data

  dati di prova per usare GBrowse

• sug: libfile-nfslock-perl

  perl module to do NFS (or not) locking

Download gbrowse

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,316.5 kB	7,016.0 kB	[list of files]