Package: chromhmm (1.18+dfsg-1)

[ Source: chromhmm  ]

scoperta e caratterizzazione dello stato della cromatina

ChromHMM è un software per imparare e caratterizzare gli stati della cromatina. ChromHMM può integrare insiemi multipli di dati sulla cromatina, come dati ChIP-seq di varie modificazioni degli istoni, per scoprire de novo i principali ricorrenti modelli combinatori e spaziali dei mark. ChromHMM è basato su un modello nascosto di Markov multivariato che modella esplicitamente la presenza o l'assenza di ciascun mark della cromatina. Il modello risultante può poi essere usato per annotare sistematicamente un genoma in uno o più tipi di cellula. Calcolando automaticamente gli arricchimenti dello stato per insiemi di annotazioni e funzionali su grande scala, ChromHMM facilita la caratterizzazione biologica di ciascun stato. ChromHMM produce anche file con mappe di annotazioni di stato della cromatina per tutto il genoma che possono essere visualizzate direttamente in un browser di genoma.

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• dep: default-jre

  runtime Java standard o compatibile

  or java7-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre

  or java8-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre

  or java9-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre

  or java10-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre

  or java11-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre

• dep: jarwrapper (>= 0.5)

  esegue file .jar Java

• dep: libbatik-java

  libreria SVG di xml.apache.org

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• dep: libjheatchart-java

  Heat map charting library for Java

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