Package: ampliconnoise (1.29-8)

[ Source: ampliconnoise  ]

rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454

AmpliconNoise è un pacchetto di applicazioni per ripulire dati di sequenziamento ad alte prestazioni. Consiste di tre parti principali:

 Pyronoise - esegue clustering basato su flowgram per individuare letture
 errate;
 SeqNoise - rimuove mutazioni puntuali PCR;
 Perseus - rimuove chimere PCR senza la necessità di un insieme di sequenze
 di riferimento.

Precedentemente esisteva un "Pyronoise" autonomo degli stessi autori e questo pacchetto include una versione aggiornata. C'è anche un "Denoiser" in Qiime che è collegato, ma distinto.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgsl23 (>= 2.5)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libgslcblas0 (>= 2.4)

  libreria scientifica GNU (GSL) -- pacchetto di libreria blas

• dep: libopenmpi3

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• rec: openmpi-bin

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni -- binari

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	464.6 kB	1,427.0 kB	[list of files]