Package: r-bioc-genomicfeatures (1.42.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-genomicfeatures  ]

strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

Un insieme di strumenti e metodi per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle. Con questi strumenti l'utente può facilmente scaricare le posizioni genomiche di trascritti, esoni e CDS di un dato organismo dallo UCSC Genome Browser o da un database BioMart (in futuro saranno gestite ulteriori fonti). Queste informazioni sono poi memorizzate in un database locale che tiene traccia delle relazioni tra trascritti, esoni, CDS e geni. Sono forniti dei metodi flessibili per estrarre le caratteristiche desiderate in un formato comodo.

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  virtual package provided by r-base-core

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• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.41.4)

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.15.1)

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• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.0)

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  interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

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• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.25.7)

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• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.23)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

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• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

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• dep: r-cran-dbi

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• dep: r-cran-rcurl

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• dep: r-cran-rsqlite (>= 2.0)

  driver R per interfaccia a database per SQLite

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-ensembldb

  utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl

• sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.7)

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo

• sug: r-bioc-rsamtools

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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