Package: simkamin (1.5.3-4)

[ Source: simka  ]

metodo metagenomico comparativo approssimato dedicato a insiemi di dati NGS

Simka è uno strumento metagenomico comparativo de novo. Simka rappresenta ciascun insieme di dati come spettro di k-meri e calcola svariate distanze ecologiche classiche tra essi.

La differenza rispetto a Simka sta nel fatto che SimkaMin produce in output risultati approssimati (ma molto simili) sottocampionando lo spazio dei k-meri. Con questa strategia e con i parametri predefiniti, SimkaMin è di un ordine di grandezza più veloce, usa 10 volte meno memoria e 70 volte meno disco di Simka.

Other Packages Related to simkamin

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

Download simkamin

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	31.3 kB	385.0 kB	[list of files]