Package: med-bio-dev (3.7)

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pacchetti Debian Med per lo sviluppo di applicazioni bioinformatiche

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Tags: Field: Biology, Role: Metapackage, Application Suite: Debian, Purpose: Need an extra tag

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rec: bio-tradis

analizza l'output da analisi TraDIS di sequenze genomiche
rec: biobambam2

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rec: bioperl

strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
rec: bioperl-run

wrapper BioPerl: script
rec: biosquid

utilità per l'analisi di sequenze biologiche
rec: cwltool

implementazione di riferimento di Common Workflow Language
rec: gffread

conversioni di formati GFF/GTF, filtraggio di regioni, estrazione di sequenze FASTA
rec: libace-perl

accesso orientato agli oggetti per i database ACEDB
rec: libai-fann-perl

wrapper Perl per la libreria FANN
rec: libbambamc-dev

Development files for reading and writing BAM (genome alignment) files
rec: libbamtools-dev

API C++ per manipolare file BAM (allineamenti di genoma)
rec: libbigwig-dev

libreria C per gestire file bigWig - file header
rec: libbio-alignio-stockholm-perl

stockholm sequence input/output stream
rec: libbio-asn1-entrezgene-perl

parser for NCBI Entrez Gene and NCBI Sequence records
rec: libbio-chado-schema-perl

DBIx::Class layer for the Chado database schema
rec: libbio-cluster-perl

moduli per cluster di BioPerl
rec: libbio-coordinate-perl

moduli BioPerl per lavorare con coordinate biologiche
rec: libbio-das-lite-perl

implementation of the BioDas protocol
rec: libbio-db-biofetch-perl

Database object interface to BioFetch retrieval
rec: libbio-db-embl-perl

Database object interface for EMBL entry retrieval
rec: libbio-db-hts-perl

interfaccia Perl alla libreria HTS
rec: libbio-db-ncbihelper-perl

collection of routines useful for queries to NCBI databases
rec: libbio-eutilities-perl

BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)
rec: libbio-featureio-perl

Modules for reading, writing, and manipulating sequence features
rec: libbio-graphics-perl

Generate GD images of Bio::Seq objects
rec: libbio-mage-perl

Container module for classes in the MAGE package: MAGE
rec: libbio-mage-utils-perl

Extra modules for classes in the MAGE package: MAGE
rec: libbio-primerdesigner-perl

modulo Perl per progettare primer per PCR usando primer3 ed epcr
rec: libbio-samtools-perl

interfaccia Perl alla libreria SamTools per sequenziamento di DNA
rec: libbio-scf-perl

Perl extension for reading and writing SCF sequence files
rec: libbio-tools-phylo-paml-perl

Bioperl interface to the PAML suite
rec: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

interfaccia Bioperl a Clustal W
rec: libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl

interfaccia Bioperl a T-Coffee
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oggetto per l'esecuzione remota di NCBI Blast tramite HTTP
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bioinformatics library in D (development files)
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API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
rec: libbiojava4-java

API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
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rec: libssm-dev

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rec: libssw-dev

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rec: libvibrant6-dev

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rec: libzerg0-dev

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rec: mcl

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rec: nim-hts-dev

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rec: nim-kexpr-dev

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rec: nim-lapper-dev

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rec: python3-airr

Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences
rec: python3-anndata

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rec: python3-bcbio-gff

libreria Python 3 per leggere e scrivere Generic Feature Format
rec: python3-biom-format

formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 3)
rec: python3-biomaj3

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rec: python3-biopython

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rec: python3-biotools

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rec: python3-bx

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rec: python3-cgecore

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rec: python3-cobra

modellazione di reti biologiche basata su vincoli con Python 3
rec: python3-corepywrap

libreria che esporta metodi di accesso C++ mmCIF in Python 3
rec: python3-csb

infrastruttura Python per bioinformatica strutturale (versione Python3)
rec: python3-cutadapt

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rec: python3-cyvcf2

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rec: python3-deeptools

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rec: python3-deeptoolsintervals

handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
rec: python3-dendropy

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rec: python3-dnaio

libreria Python 3 per analisi veloce di file FASTQ e FASTA
rec: python3-ete3

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rec: python3-fast5

libreria per leggere file FAST5 di Oxford Nanopore -- Python 3
rec: python3-freecontact

fast protein contact predictor - binding for Python3
rec: python3-gfapy

flexible and extensible software library for handling sequence graphs
rec: python3-gffutils

lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
rec: python3-htseq

utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python 3
rec: python3-intervaltree-bio

comode classi per alberi di intervalli per dati genomici -- libreria Python 3
rec: python3-kineticstools

rilevazione di modifiche al DNA (libreria Python 3)
rec: python3-mirtop

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming (Python 3)
rec: python3-nanoget

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
rec: python3-ngs

collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (collegamenti Python 3)
rec: python3-pairix

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates
rec: python3-parasail

Python3 bindings for the parasail C library
rec: python3-pbcommand

interfaccia comune a riga di comando per moduli di analisi di Pacific Biosciences
rec: python3-pbconsensuscore

algoritmi per consenso di sequenze multiple per PacBio -- Python 3
rec: python3-pbcore

libreria Python 3 per elaborare file di dati PacBio
rec: python3-peptidebuilder

generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence
rec: python3-presto

toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T (modulo Python 3)
rec: python3-py2bit

access to 2bit files
rec: python3-pyani

Python3 module for average nucleotide identity analyses
rec: python3-pybedtools

wrapper in Python 3 intorno a BEDTools per lavori di bioinformatica
rec: python3-pybel

linguaggio per espressioni biologiche
rec: python3-pybigwig

modulo Python 3 per veloce accesso a file bigBed e bigWig
rec: python3-pyfaidx

accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3
rec: python3-pymummer

interfaccia Python 3 per MUMmer
rec: python3-pyranges

rappresentazione 2D di intervalli genomici e delle loro annotazioni
rec: python3-pysam

interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
rec: python3-pyvcf

virtual package provided by python3-vcf
rec: python3-rdkit

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rec: python3-ruffus

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rec: python3-screed

utilità per sequenze di letture di nucleotidi corte in Python 3
rec: python3-shasta

nanopore whole genome assembly (dynamic library)
rec: python3-skbio

strutture dati, algoritmi, risorse educative in Python 3 per bioinformatica
rec: python3-sqt

SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
rec: python3-streamz

build pipelines to manage continuous streams of data
rec: python3-tinyalign

rappresentazione numerica delle differenze tra stringhe
rec: python3-torch

Tensors and Dynamic neural networks in Python with strong GPU acceleration
rec: python3-treetime

inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
rec: python3-wdlparse

analizzatore di WDL (Workflow Description Language) per Python
rec: r-bioc-biobase

funzioni base per Bioconductor
rec: r-cran-boolnet

assemblaggio, analisi e visualizzazione di reti booleane
rec: r-cran-corrplot

visualizzazione di una matrice di correlazione
rec: r-cran-distory

distanza tra storie filogenetiche per GNU R
rec: r-cran-fitdistrplus

support fit of parametric distribution
rec: r-cran-forecast

GNU R forecasting functions for time series and linear models
rec: r-cran-genetics

pacchetto GNU R per genetica di popolazione
rec: r-cran-gprofiler

Interface to the 'g:Profiler' Toolkit
rec: r-cran-haplo.stats

pacchetto GNU R per l'analisi degli aplotipi
rec: r-cran-metamix

GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling
rec: r-cran-phangorn

pacchetto GNU R per analisi filogenetica
rec: r-cran-pheatmap

pacchetto GNU R per creare belle mappe di calore
rec: r-cran-phylobase

GNU R base package for phylogenetic structures and comparative data
rec: r-cran-pscbs

R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
rec: r-cran-qqman

pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
rec: r-cran-rentrez

interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI
rec: r-cran-rncl

interfaccia GNU R alla Nexus Class Library
rec: r-cran-rnexml

pacchetto GNU R per I/O semanticamente ricco per il formato "NeXML"
rec: r-cran-rotl

interfaccia GNU R all'API di "Open Tree of Life"
rec: r-cran-samr

GNU R significance analysis of microarrays
rec: r-cran-sctransform

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
rec: r-cran-seqinr

recupero e analisi di sequenze biologiche per GNU R
rec: r-cran-seurat

Tools for Single Cell Genomics
rec: r-cran-tsne

t-distributed stochastic neighbor embedding per R (t-SNE)
rec: r-cran-vegan

pacchetto per ecologia delle comunità per R
rec: r-cran-webgestaltr

find over-represented properties in gene lists
rec: r-other-hms-dbmi-spp

virtual package provided by r-cran-spp
rec: ruby-bio

strumenti Ruby per la biologia molecolare computazionale
rec: ruby-crb-blast

Run conditional reciprocal best blast
rec: sbmltoolbox

toolbox libsbml per Octave e MATLAB
rec: snakemake

sistema di gestione dei flussi di lavoro in Python
rec: toil

motore per flusso di lavoro multipiattaforma

sug: bioclipse

Package not available
sug: conda-package-handling

creazione ed estrazione di pacchetti conda in vari formati
sug: ctdconverter

converte file CTD in file per lo strumento Galaxy e per CWL CommandLineTool
sug: cthreadpool-dev

minimal ANSI C thread pool - development files
sug: cwlformat

strumento per formattare codice per Common Workflow Language
sug: libargs-dev

simple header-only C++ argument parser library
sug: libatomicqueue-dev

Package not available
sug: libbam-dev

manipulates nucleotide sequence alignments in BAM or SAM format
sug: libbbhash-dev

bloom-filter based minimal perfect hash function library
sug: libconcurrentqueue-dev

industrial-strength lock-free queue for C++
sug: libdisorder-dev

libreria per la misura dell'entropia di flussi di byte (sviluppo)
sug: libfast-perl

Package not available
sug: libforester-java

Package not available
sug: libfreecontact-dev

fast protein contact predictor library - development files
also a virtual package provided by libfreecontact-dev
sug: libfreecontact-doc

documentation for libfreecontact
sug: libfreecontact-perl

fast protein contact predictor - binding for Perl
sug: libgoby-java

Package not available
sug: libmaus2-dev

collection of data structures and algorithms for biobambam (devel)
sug: libmilib-java

libreria per elaborazione di dati di Next Generation Sequencing (NGS)
sug: libminimap-dev

header di sviluppo per libminimap
sug: libmodhmm-dev

library for constructing, training and scoring hidden Markov models (dev)
sug: libnexml-java

Package not available
sug: libpbcopper-dev

data structures, algorithms, and utilities for C++ applications -- header files
sug: libqcpp-dev

Package not available
sug: librelion-dev

Package not available
sug: libroadrunner-dev

Package not available
sug: librostlab-blast-doc

very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (doc)
sug: librostlab-doc

C++ library for computational biology (documentation)
sug: libssu-dev

Package not available
sug: libsuma-dev

headers and static library for sumatra and sumaclust
sug: libsvmloc-dev

PSORTb adapted library for svm machine-learning library (dev)
sug: libswarm2-dev

Package not available
sug: libtfbs-perl

scanning DNA sequence with a position weight matrix
sug: libxxsds-dynamic-dev

succinct and compressed fully-dynamic data structures library
sug: octace-bioinfo

Package not available
sug: pangolearn

Package not available
sug: python-biopython-doc

documentazione per la libreria Biopython
sug: python3-alignlib

distanze di edit e di Hamming per sequenze biologiche
sug: python3-bcbio

libreria per analizzare dati di sequenziamento ad alte prestazioni
sug: python3-bel-resources

utilità Python 3 per file di risorse BEL
sug: python3-biopython-sql

gestione dello schema di database BioSQL per Biopython (Python 3)
sug: python3-cogent3

infrastruttura per biologia genomica
sug: python3-consensuscore2

Package not available
sug: python3-cooler

Package not available
sug: python3-ctdopts

conferisce agli strumenti Python un'interfaccia compatibile con CTD
sug: python3-galaxy-lib

Package not available
sug: python3-hyphy

Package not available
sug: python3-intake

Package not available
sug: python3-joypy

ridgeline-/joyplots plotting routine
sug: python3-loompy

Package not available
sug: python3-mcaller

Package not available
sug: python3-misopy

Package not available
sug: python3-ncls

datastructure for interval overlap queries
sug: python3-networkx

strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)
sug: python3-pycosat

collegamenti Python a picosat
sug: python3-pyflow

leggero motore per compiti paralleli per Python
sug: python3-roadrunner

Package not available
sug: python3-scanpy

Package not available
sug: python3-seqcluster

analysis of small RNA in NGS data
sug: python3-unifrac

Package not available
sug: q2-alignment

plugin di QIIME 2 per generare e manipolare allineamenti
sug: q2-composition

Package not available
sug: q2-cutadapt

plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
sug: q2-dada2

plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
sug: q2-deblur

Package not available
sug: q2-demux

plugin QIIME 2 fare il demultiplexing delle letture di sequenze
sug: q2-diversity

Package not available
sug: q2-emperor

Package not available
sug: q2-feature-classifier

plugin QIIME 2 per gestione di classificazione tassonomica
sug: q2-feature-table

plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche
sug: q2-fragment-insertion

Package not available
sug: q2-gneiss

Package not available
sug: q2-longitudinal

Package not available
sug: q2-metadata

plugin per QIIME 2 per lavorare con Metadati e visualizzarli
sug: q2-phylogeny

Package not available
sug: q2-quality-control

plugin QIIME 2 per controllo qualità di dati di caratteristiche e sequenze
sug: q2-quality-filter

plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED
sug: q2-sample-classifier

plugin QIIME 2 per la predizione con apprendimento macchina di dati campionari
sug: q2-shogun

Package not available
sug: q2-taxa

plugin QIIME 2 per lavorare con annotazioni tassonomiche di caratteristiche
sug: q2-types

plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma
sug: q2-vsearch

Package not available
sug: q2cli

interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2
sug: q2cwl

Package not available
sug: q2lint

Package not available
sug: q2templates

pacchetto per modello di struttura per plugin QIIME 2
sug: qiime

Quantitative Insights Into Microbial Ecology
sug: r-bioc-affxparser

Package not available
sug: r-bioc-affy

metodi BioConductor per array di oligonucleotidi dell'Affymetrix
sug: r-bioc-affyio

strumenti BioConductor per analizzare file di dati Affymetrix
sug: r-bioc-altcdfenvs

ambienti CDF alternativi per BioConductor
sug: r-bioc-annotate

annotazioni BioConductor per microarray
sug: r-bioc-annotationdbi

GNU R Annotation Database Interface per BioConductor
sug: r-bioc-annotationhub

client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug
sug: r-bioc-aroma.light

metodi BioConductor per normalizzazione e visualizzazione di dati di microarray
sug: r-bioc-arrayexpress

Package not available
sug: r-bioc-biocgenerics

funzioni generiche per Bioconductor
sug: r-bioc-biocneighbors

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
sug: r-bioc-biomart

interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)
sug: r-bioc-biomformat

pacchetto di interfaccia per GNU R per il formato di file BIOM
sug: r-bioc-biostrings

oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
sug: r-bioc-biovizbase

utilità grafiche di base per GNU R per la visualizzazione di dati genomici
sug: r-bioc-bitseq

transcript expression inference and analysis for RNA-seq data
sug: r-bioc-bridgedbr

Package not available
sug: r-bioc-bsgenome

infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings
sug: r-bioc-cager

Package not available
sug: r-bioc-cner

rilevazione e visualizzazione di CNE
sug: r-bioc-complexheatmap

creazione di mappe di calore complesse usando GNU R
sug: r-bioc-ctc

conversione di cluster e alberi (Cluster and Tree Conversion)
sug: r-bioc-cummerbund

strumento per l'analisi dell'output RNA-Seq di Cufflinks
sug: r-bioc-dada2

sample inference from amplicon sequencing data
sug: r-bioc-deseq

analisi dell'espressione differenziale di geni per GNU R
sug: r-bioc-deseq2

pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
sug: r-bioc-dnacopy

R package: DNA copy number data analysis
sug: r-bioc-ebseq

pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
sug: r-bioc-enrichedheatmap

Package not available
sug: r-bioc-ensembldb

utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
sug: r-bioc-genefilter

metodi per filtrare geni da esperimenti con microarray
sug: r-bioc-geneplotter

pacchetto R di funzioni per disegnare dati genomici
sug: r-bioc-genomeinfodb

utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi
sug: r-bioc-genomicalignments

rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor
sug: r-bioc-genomicfeatures

strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle
sug: r-bioc-genomicranges

rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
sug: r-bioc-geoquery

ottiene dati da Gene Expression Omnibus (GEO) dell'NCBI
sug: r-bioc-go.db

annotation maps describing the entire Gene Ontology
sug: r-bioc-graph

gestisce strutture di dati di grafi per BioConductor
sug: r-bioc-gseabase

Package not available
sug: r-bioc-gsva

Package not available
sug: r-bioc-gviz

disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
sug: r-bioc-hypergraph

strutture di dati di ipergrafi per Bioconductor
sug: r-bioc-impute

imputazione per dati di microarray
sug: r-bioc-iranges

contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R
sug: r-bioc-limma

modelli lineari per dati di microarray
sug: r-bioc-makecdfenv

BioConductor CDF Environment Maker
sug: r-bioc-mergeomics

Integrative network analysis of omics data
sug: r-bioc-metagenomeseq

analisi statistiche per GNU R per sequenziamento sparso ad alte prestazioni
sug: r-bioc-mofa

Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
sug: r-bioc-multiassayexperiment

Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor
sug: r-bioc-nanostringqcpro

processing and QA for NanoString mRNA expression data
sug: r-bioc-oligo

Package not available
sug: r-bioc-oligoclasses

Package not available
sug: r-bioc-org.hs.eg.db

annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo
sug: r-bioc-pcamethods

BioConductor collection of PCA methods
sug: r-bioc-phyloseq

gestione ed analisi per GNU R di dati di censimenti di microbiomi ad alte prestazioni
sug: r-bioc-preprocesscore

raccolta di funzioni di pre-elaborazione per BioConductor
sug: r-bioc-purecn

copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing
sug: r-bioc-qusage

qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
sug: r-bioc-rbgl

interfaccia R agli algoritmi per grafi contenuti nella libreria BOOST
sug: r-bioc-rentrez

Package not available
sug: r-bioc-rsamtools

allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R
sug: r-bioc-rtracklayer

interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
sug: r-bioc-s4vectors

implementazione di vettori e liste per BioConductor S4
sug: r-bioc-savr

analisi di file SAV di Illumina per GNU R
sug: r-bioc-shortread

classi e metodi GNU R per grosse moli di dati di sequenziamento short-read
sug: r-bioc-snpstats

classi e metodi SnpMatrix e XSnpMatrix per BioConductor
sug: r-bioc-structuralvariantannotation

Package not available
sug: r-bioc-tfbstools

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
sug: r-bioc-titancna

Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing
sug: r-bioc-tximport

transcript-level estimates for biological sequencing
sug: r-bioc-variantannotation

annotazione di varianti genetiche per BioConductor
sug: r-bioc-xvector

rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor
sug: r-cran-adegenet

analisi esplorative di GNU R per dati genetici e genomici
sug: r-cran-adephylo

analisi esplorative per GNU R per il metodo di confronto filogenetico
sug: r-cran-amap

un altro pacchetto di analisi multidimensionale
sug: r-cran-biwt

biweight mean vector and covariance and correlation
sug: r-cran-drinsight

Package not available
sug: r-cran-dt

wrapper GNU R della libreria JavaScript "DataTables"
sug: r-cran-dynamictreecut

Methods for Detection of Clusters in Hierarchical Clustering
sug: r-cran-fastcluster

funzioni veloci di raggruppamento in cluster gerarchico per GNU R
sug: r-cran-future.apply

apply function to elements in parallel using futures
sug: r-cran-future.batchtools

Future API for Parallel and Distributed Processing
sug: r-cran-ica

Independent Component Analysis
sug: r-cran-itertools

strumenti per iteratori
sug: r-cran-kaos

Encoding of Sequences Based on Frequency Matrix Chaos
sug: r-cran-metap

Meta-Analysis of Significance Values
sug: r-cran-minerva

Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
sug: r-cran-natserv

interfaccia GNU R a "NatureServe"
sug: r-cran-nmf

GNU R framework to perform non-negative matrix factorization
sug: r-cran-optimalcutpoints

calcolo dei punti di cut-off ottimali in test diagnostici
sug: r-cran-parmigene

Parallel Mutual Information to establish Gene Networks
sug: r-cran-pcapp

Robust PCA by Projection Pursuit
sug: r-cran-proc

Display and Analyze ROC Curves
sug: r-cran-rann

Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric
sug: r-cran-rcpphnsw

R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors
sug: r-cran-robustrankaggreg

metodi per robusta aggregazione di ranghi
sug: r-cran-rocr

pacchetto GNU R per preparare e visualizzare curve ROC
sug: r-cran-rook

web server interface for R
sug: r-cran-rsgcc

Gini correlation and clustering of gene expression data
sug: r-cran-rsvd

Randomized Singular Value Decomposition
sug: r-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
sug: r-cran-sitmo

GNU R parallel pseudo random number generator 'sitmo' header files
sug: r-cran-venndiagram

genera diagrammi di Venn e Eulero ad alta risoluzione
sug: r-other-apmswapp

Package not available
sug: ruby-rgfa

parse, edit and write GFA format graphs in Ruby
sug: vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

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