Package: qiime (2022.11.1-2)

[ Source: qiime  ]

Kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi

Mikrober omgiver os, dyr, planter og alle deres parasitter med stærk effekt på dem og det miljø, de lever i. Der tænkes på jordkvalitet men også effekten som bakterier har på hinanden. Mennesker influerer den absolutte og relative udbredelse af bakterier med antibiotika, mad, gødning - og meget andet - og disse ændringer påvirker os.

QIIME 2 er en funktionsrig og decentraliseret mikrobiome analysepakke med fokus på data og analysegennemsigtighed. QIME 2 gør det muligt for forskere at starte en analyse med rå DNA-sekvensdata og afslutte med figurer og statistiske resultater i udgivelseskvalitet. Nøglefunktioner:

 * Integreret og automatisk registrering af dataherkomst
 * Semantisk typesystem
 * Udvidelsesmodulsystem for udvidelse af mikrobiome analysefunktionalitet
 * Understøttelse for flere typer af brugerflader (f.eks. API,
   kommandolinjen, grafisk)

QIIME 2 er et fuldstændigt nyt design og omskrivning af QIIME 1 mikrobiome analysedatakanalen. QIIME 2 vil adressere mange af begrænsningerne i QIIME 1, men de funktioner der gør QIIME 1 til en funktionsrig og bredt anvendt analysedatakanal bevares.

QIIME 2 understøtter i øjeblikket en oprindelig start til slut-mikrobiome analysedatakanal. Ny funktionalitet vil blive tilgængelig via QIIME 2-udvidelsesmoduler. Du kan se en liste over tilgængelige udvidelsesmoduler på QIIME 2's side over udvidelsesmoduler. »future«-siden viser udvidelsesmoduler under udvikling.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to qiime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-bibtexparser

  Python 3 library to parse bibtex files

• dep: python3-dateutil

  Funktionsrige udvidelser til Python 3's standardmodul datetime

• dep: python3-decorator

  forenkl brug af Pythondekoratører med programmører

• dep: python3-dill

  Serialiser al Python 3 (næsten)

• dep: python3-flufl.lock

  NFS-sikker filbaseret lås med tidsudløb - Python 3

• dep: python3-networkx

  Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-psutil

  Modul der tilbyder nemme funktioner til at håndtere processer - Python 3

• dep: python3-pyparsing

  Alternativ til at oprette og køre simple grammatikker - Python 3.x

• dep: python3-tzlocal

  Tzinfo-objekt for den lokale tidszone

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• rec: q2-cutadapt

  QIIME 2-udvidelsesmodul til arbejdet med adaptere i sekvensdata

• rec: q2-demux

  QIIME 2-udvidelsesmodul for demultiplexing af sekvenslæsninger

• rec: q2-feature-classifier

  QIIME 2-udvidelsesmodul der understøtter taksonomisk klassifikation

• rec: q2-feature-table

  QIIME 2-udvidelsesmodul der understøtter operationer på funktionstabeller

• rec: q2-metadata

  QIIME 2-udvidelsesmodul for arbejdet med og visualisering af metadata

• rec: q2-quality-filter

  QIIME 2-udvidelsesmodul for PHRED-baseret filtrering og tilpasning

• rec: q2-types

  QIIME 2-udvidelsesmodul der definerer typer for mikrobiom analyse

• rec: q2cli

  Klikbaseret kommandolinjegrænseflade for QIIME 2

• rec: q2templates

  Designskabelonpakke for QIIME 2-udvidelsesmoduler

Download qiime

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	178.3 kB	1,311.0 kB	[list of files]