Package: estscan (3.0.3-6)

[ Source: estscan  ]

strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF

ESTScan è un programma che può identificare le regioni codificanti in sequenze di DNA, anche se sono di bassa qualità. ESTScan inoltre identifica e corregge errori di sequenziamento che non portano a scostamento di frame. ESTScan non è un programma per predizione di geni, né è un rilevatore di finestre di lettura. Di fatti la sua forza è nel fatto che non richiede una finestra di lettura per rilevare una regione codificante. Come risultato, il programma può mancare alcuni aminoacidi tradotti al terminale N o C, ma rileva le regioni codificanti con alta selettività e sensibilità.

ESTScan sfrutta l'uso non uniforme di esanucleotidi trovato nelle regioni codificanti rispetto alle non codificanti. Questa differenza è formalizzata in un modello di Markov nascosto (HMM) non omogeneo di quinto ordine e periodo 3. In aggiunta, l'HMM di ESTScan è stato esteso per permettere inserzioni e delezioni quando queste migliorano le statistiche della regione codificante.

Other Packages Related to estscan

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  libreria runtime per applicazioni GNU Fortran

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	52.5 kB	257.0 kB	[list of files]
arm64	50.9 kB	241.0 kB	[list of files]
armel	51.4 kB	237.0 kB	[list of files]
armhf	49.6 kB	221.0 kB	[list of files]
i386	52.7 kB	253.0 kB	[list of files]
mips64el	53.6 kB	256.0 kB	[list of files]
mipsel	51.9 kB	240.0 kB	[list of files]
ppc64el	54.8 kB	433.0 kB	[list of files]
s390x	51.9 kB	245.0 kB	[list of files]