Package: bandage (0.9.0-2)

[ Source: bandage  ]

applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo

Bandage è un programma con GUI che permette agli utenti di interagire con grafi di assemblati creati da assemblatori de novo come Velvet, SPAdes, MEGAHIT e altri.

I grafi degli assemblati de novo non contengono solo i contig assemblati, ma anche le connessioni tra tali contig, che precedentemente non erano facilmente accessibili. Bandage visualizza grafi di assemblati, con connessioni, usando algoritmi di disposizione di grafi. I nodi nel grafo disegnato, che rappresentano i contig, possono essere automaticamente etichettati con il loro ID, lunghezza o profondità. Gli utenti possono interagire con il grafo spostando, etichettando e colorando i nodi. Le informazioni sulla sequenza possono essere estratte anche direttamente dal visualizzatore del grafo. Visualizzando le connessioni tra contig, Bandage apre nuove possibilità per analizzare e migliorare gli assemblati de novo, che non sono possibili osservando i contig da soli.

Ulteriori informazioni e collegamenti per il download si trovano sul sito web di Bandage: rrwick.github.io/Bandage

Il pacchetto è attinente al campo dell'assemblaggio del genoma.

Tags: Interface Toolkit: Qt

Other Packages Related to bandage

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [not arm64, mips64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el]

• dep: libqt5core5a (>= 5.15.1)

  modulo principale di Qt 5

• dep: libqt5gui5 (>= 5.8.0)

  modulo GUI di Qt 5

  or libqt5gui5-gles (>= 5.8.0)

  modulo GUI di Qt 5 — variante OpenGL ES

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  modulo SVG di Qt 5

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.15.1)

  modulo per widgets di Qt 5

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

Download bandage

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	948.0 kB	2,239.0 kB	[list of files]
arm64	877.0 kB	2,145.0 kB	[list of files]
armel	850.8 kB	2,012.0 kB	[list of files]
armhf	854.4 kB	1,628.0 kB	[list of files]
i386	981.9 kB	2,287.0 kB	[list of files]
mips64el	897.8 kB	2,894.0 kB	[list of files]
mipsel	900.4 kB	2,732.0 kB	[list of files]
ppc64el	942.2 kB	2,654.0 kB	[list of files]
s390x	878.4 kB	2,326.0 kB	[list of files]