Package: r-cran-ape (5.7-1)

[ Source: r-cran-ape  ]

pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione

Questo pacchetto fornisce funzioni per leggere, scrivere, disegnare e manipolare alberi filogenetici, analisi di dati comparativi in un'infrastruttura filogenetica, analisi di caratteri ancestrali, analisi di diversificazione e macroevoluzione, calcoli di distanze da sequenze di DNA, lettura e scrittura di sequenze nucleotidiche oltre all'importazione da BioConductor e svariati strumenti come il test di Mantel, grafici skyline generalizzati, esplorazioni grafiche di dati filogenetici (alex, trex, kronoviz), stime di tassi evolutivi assoluti e alberi in stile orologio usando lunghezze di percorsi medi e verosimiglianza con penalità, traduzione di DNA in sequenze di AA e valutazione di allineamenti di sequenze. Le stime filogenetiche possono essere fatte con i metodi NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM e triangolare e svariati metodi gestiscono matrici di distanze non complete (NJ*, BIONJ*, MVR* e il corrispondente metodo triangolare). Alcune funzioni chiamano applicazioni esterne (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) i cui risultati vengono restituiti ad R.

Tags: Software Development: GNU R Development, Field: Statistics, Implemented in: GNU R

Other Packages Related to r-cran-ape

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• dep: r-cran-digest

  pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R

• dep: r-cran-lattice

  pacchetto GNU R per grafici "Trellis"

• dep: r-cran-nlme

  pacchetto GNU R per modelli a effetti misti (non) lineari

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  pacchetto GNU R per integrazione perfetta tra R e C++

• rec: r-cran-phangorn

  GNU R package for phylogenetic analysis

• sug: clustalw

  allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi

• sug: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• sug: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

• sug: r-cran-expm

  calcolo dell'esponenziale di matrice e valori correlati per GNU R

• sug: r-cran-gee

  risolutore di equazioni di stima generalizzate

• sug: r-cran-igraph

  analisi e visualizzazione di reti per GNU R

• sug: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

Download r-cran-ape

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,816.0 kB	3,661.0 kB	[list of files]