Paket: r-cran-ape (5.7-1)

[ Quellcode: r-cran-ape  ]

GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution

This package provides functions for reading, writing, plotting, and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data in a phylogenetic framework, ancestral character analyses, analyses of diversification and macroevolution, computing distances from DNA sequences, reading and writing nucleotide sequences as well as importing from BioConductor, and several tools such as Mantel's test, generalized skyline plots, graphical exploration of phylogenetic data (alex, trex, kronoviz), estimation of absolute evolutionary rates and clock-like trees using mean path lengths and penalized likelihood, dating trees with non-contemporaneous sequences, translating DNA into AA sequences, and assessing sequence alignments. Phylogeny estimation can be done with the NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM, and triangle methods, and several methods handling incomplete distance matrices (NJ*, BIONJ*, MVR*, and the corresponding triangle method). Some functions call external applications (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) whose results are returned into R.

Markierungen: Software-Entwicklung: GNU R-Entwicklung, Feld: Statistik, Implementiert in: GNU R

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-ape

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-cran-digest

  GNU-R-Paket für »hash digests« von R-Datenstrukturen

• dep: r-cran-lattice

  GNU-R-Paket für »Trellis«-Grafiken

• dep: r-cran-nlme

  GNU-R-Paket für (nicht-)lineare gemischte Modelle

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• rec: r-cran-phangorn

  GNU-R-Paket für die phylogenetische Analyse

• sug: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: r-cran-expm

  GNU R - Berechnung der Matrix-Exponentialfunktion und verwandter Funktionen

• sug: r-cran-gee

  Generalized Estimation Equation Solver

• sug: r-cran-igraph

  GNU R network analysis and visualization

• sug: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.816,0 kB	3.661,0 kB	[Liste der Dateien]