Paquet : megadepth (1.2.0-4 et autres)

[ Paquet source : megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Autres paquets associés à megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 ko	271,0 ko	[liste des fichiers]