Paquet : r-bioc-rsamtools (2.18.0+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-rsamtools  ]

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

Ce paquet fournit une interface pour les utilitaires samtools, bcftools et tabix pour la manipulation de fichiers SAM (Sequence Alignment/Map), BCF (binary variant call) et tabix compressés (indexed tab-delimited).

Autres paquets associés à r-bioc-rsamtools

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  librairie de compression au format XZ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-bitops

  GNU R package implementing bitwise operations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10)

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-rsamtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.18.0+dfsg-1+b1	3 500,1 ko	5 581,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.18.0+dfsg-1+b1	3 456,7 ko	5 585,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.18.0+dfsg-1+b1	3 452,0 ko	5 771,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.18.0+dfsg-1+b1	3 545,3 ko	5 969,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.18.0+dfsg-1+b1	3 509,8 ko	5 713,0 ko	[liste des fichiers]