Paket: r-bioc-rsamtools (2.22.0+dfsg-2)

[ Quellcode: r-bioc-rsamtools  ]

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

This package provides an interface to the 'samtools', 'bcftools', and 'tabix' utilities for manipulating SAM (Sequence Alignment / Map), binary variant call (BCF) and compressed indexed tab-delimited (tabix) files.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-rsamtools

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0)

  Einfach nutzbare Client-Bibliothek für URL-Übertragungen (OpenSSL-Variante)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht riscv64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 2.99.1)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-bitops

  GNU R package implementing bitwise operations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10)

  Paket nicht verfügbar

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  GNU-R-Paket, das ein Programmiergerüst für Komponententests bereitstellt

r-bioc-rsamtools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	3.515,3 kB	5.655,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.481,7 kB	5.644,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.470,0 kB	5.831,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.563,7 kB	6.092,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.526,6 kB	5.435,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	3.528,5 kB	5.795,0 kB	[Liste der Dateien]