Paquet : r-bioc-rsamtools (2.14.0-1)

[ Paquet source : r-bioc-rsamtools  ]

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

Ce paquet fournit une interface pour les utilitaires samtools, bcftools et tabix pour la manipulation de fichiers SAM (Sequence Alignment/Map), BCF (binary variant call) et tabix compressés (indexed tab-delimited).

Autres paquets associés à r-bioc-rsamtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, mipsel]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-bitops

  paquet de GNU R pour des opérations bit à bit

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10)

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-rsamtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	3 667,0 ko	5 744,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3 623,2 ko	5 696,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3 594,5 ko	5 629,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3 599,6 ko	5 373,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3 712,8 ko	5 897,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3 623,9 ko	5 946,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	3 638,2 ko	5 876,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3 711,2 ko	6 144,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3 626,6 ko	5 828,0 ko	[liste des fichiers]