Paquet : trinityrnaseq (2.15.1+dfsg-2) [debports]

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assemblage de novo de séquences d’Arn

Trinity représente une méthode originale pour une reconstruction efficace et robuste de transcriptomes à partir de données de séquences d’ARN. Trinity combine trois modules logiciels indépendants : Inchworm, Chrysalis et Butterfly, appliqués séquentiellement à de grandes quantités de lectures de séquences d’ARN. Trinity sépare les données de séquence en plusieurs graphes de De Bruijn individualisés, chacun représentant la complexité transcriptionnelle pour un gène ou un locus donné, et puis traite chaque graphe séparément pour extraire les isoformes d’épissage en totalité et pour séparer les transcriptions obtenues de gènes paralogues.

Autres paquets associés à trinityrnaseq

• dep: berkeley-express

  quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

• dep: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: default-jre-headless

  environnement d'exécution standard Java ou compatible – non graphique

• dep: jaligner

  algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: kallisto

  quantification RNA-seq presque optimale

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgetopt-java

  GNU getopt - Java port

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjung-free-java

  Java Universal Network/Graph Framework

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: liburi-perl

  module pour manipuler et accéder à des chaînes URI

• dep: libwww-perl

  interface simple et cohérente au world-wide web

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: parafly

  parallel command processing using OpenMP

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-htseq

  Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: subread

  boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

• dep: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: curl

  outil en ligne de commande pour transférer des données avec une syntaxe URL

• rec: gmap

  alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• rec: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• rec: r-bioc-ctc

  conversion d’arbre et de regroupement

• rec: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• rec: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• rec: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• rec: r-bioc-goseq

  GNU R gene ontology analyser for RNA-seq and other length biased data

• rec: r-bioc-qvalue

  paquet de GNU R pour une estimation de valeurs-q pour le contrôle FDR

• rec: r-bioc-rots

  GNU R Teproducibility-Optimized Test Statistic

• rec: r-cran-ape

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• rec: r-cran-argparse

  GNU R command line parser for optional and positional arguments

• rec: r-cran-cluster

  paquet GNU R pour l'analyse de grappe, écrit par Rousseeuw et al.

• rec: r-cran-fastcluster

  Fast hierarchical clustering routines for GNU R

• rec: r-cran-goplot

  GNU R visualization of functional analysis data

• rec: r-cran-gplots

  paquet de GNU R d’outils de tracé de données de Greg Warnes et autres

• rec: r-cran-kernsmooth

  paquet de GNU R pour le lissage et estimation de densité par noyau

• rec: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• rec: r-cran-tidyverse

  Easily Install and Load the 'Tidyverse'

• rec: rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

• rec: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• rec: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• rec: trinityrnaseq-examples

  assemblage de novo de séquences d’Arn – fichiers de test et d’exemple

• sug: collectl

  Utilitaire pour collecter des données de performance Linux

• sug: r-bioc-tximport

  estimations au niveau transcription de séquences biologiques

• sug: r-bioc-tximportdata

  quantificateurs d’abondance de transcriptions diverses avec GNU R

• sug: transdecoder

  recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

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