Paquet : trimmomatic (0.39+dfsg-2)

[ Paquet source : trimmomatic  ]

outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

Le paquet Trimmomatic réalise diverses tâches de découpage utile pour les données par paires ou seules d'un séquenceur Illumina. La sélection des étapes de découpage et leurs paramètres associés sont fournis en ligne de commande.

Les étapes de découpage actuelles sont :

 - ILLUMINACLIP : coupe l'adaptateur et d'autres séquences spécifiques du
    séquenceur Illumina à partir de la lecture ;
 - SLIDINGWINDOW : réalise un découpage de la fenêtre glissante, coupant
    dès que la qualité moyenne à l'intérieur de la fenêtre tombe en
    dessous d'un seuil ;
 - LEADING : coupe le début des bases d'une lecture, si en dessous d'un
    seuil de qualité ;
 - TRAILING : coupe la fin des bases d'une lecture, si en dessous d'un
    seuil de qualité ;
 - CROP : coupe la lecture à une longueur indiquée ;
 - HEADCROP : coupe le nombre indiqué de bases à partir du début de la
    lecture ;
 - MINLENGTH : abandonne la lecture si elle est inférieure à une longueur
    indiquée ;
 - TOPHRED33 : convertit les scores de qualité en Phred-33 ;
 - TOPHRED64 : convertit les scores de qualité en Phred-64.

Cela fonctionne avec le format FASTQ (en utilisant les scores de qualité phred + 33 ou phred + 64, suivant le pipeline Illumina utilisé), soit non compressé ou au format FASTQ gzippé. L'utilisation du format gzip est liée à l'extension .gz.

Autres paquets associés à trimmomatic

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: libjbzip2-java

  bzip2 compression/decompression library

Télécharger trimmomatic

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	740,1 ko	785,0 ko	[liste des fichiers]